More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0700 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  50 
 
 		 721 aa  656    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  52.97 
 
 		 738 aa  754    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  49.54 
 
 		 747 aa  686    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0859  TonB-dependent siderophore receptor  49.93 
 
 		 727 aa  661    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2631  TonB-dependent siderophore receptor  48.91 
 
 		 770 aa  681    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  81.97 
 
 		 758 aa  1263    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  47.06 
 
 		 705 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  49.67 
 
 		 747 aa  682    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  67.98 
 
 		 755 aa  1022    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 776 aa  1569    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  55.46 
 
 		 705 aa  726    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4232  TonB-dependent siderophore receptor  49.48 
 
 		 747 aa  691    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  48.36 
 
 		 690 aa  648    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  47.8 
 
 		 707 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  47.8 
 
 		 707 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  45.42 
 
 		 704 aa  604  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  46.7 
 
 		 689 aa  602  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  46.06 
 
 		 696 aa  596  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  45.32 
 
 		 701 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  45.32 
 
 		 696 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  45.32 
 
 		 696 aa  586  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  44.17 
 
 		 756 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  43.87 
 
 		 820 aa  581  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  43.1 
 
 		 822 aa  580  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  43.72 
 
 		 756 aa  580  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  44.28 
 
 		 756 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  44.28 
 
 		 756 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  44.28 
 
 		 756 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  44.28 
 
 		 756 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  43.2 
 
 		 720 aa  557  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  43.05 
 
 		 718 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  42.79 
 
 		 708 aa  554  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  42.37 
 
 		 708 aa  552  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  43.5 
 
 		 712 aa  548  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  42.21 
 
 		 723 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  41.37 
 
 		 742 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  41.37 
 
 		 728 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  41.84 
 
 		 746 aa  520  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  42.02 
 
 		 739 aa  511  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  40.69 
 
 		 703 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3793  TonB-dependent siderophore receptor  37.5 
 
 		 720 aa  443  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16695  normal  0.789951 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  35.96 
 
 		 703 aa  431  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  36.36 
 
 		 716 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  34.33 
 
 		 710 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  34.88 
 
 		 730 aa  356  1e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  34.46 
 
 		 730 aa  355  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  33.8 
 
 		 717 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1526  TonB-dependent siderophore receptor  32.34 
 
 		 724 aa  331  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.970314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 735 aa  325  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0537  TonB-dependent siderophore receptor  32.36 
 
 		 749 aa  323  6e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0190971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  32.83 
 
 		 717 aa  321  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  32.42 
 
 		 726 aa  321  3.9999999999999996e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  33.09 
 
 		 784 aa  318  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  32.04 
 
 		 728 aa  314  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  32 
 
 		 779 aa  294  5e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  30.56 
 
 		 721 aa  265  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3362  tonB-dependent receptor family protein  29.22 
 
 		 813 aa  262  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0573796  normal  0.429192 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  30.26 
 
 		 797 aa  261  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3326  TonB-dependent receptor, plug  29.81 
 
 		 737 aa  247  4.9999999999999997e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.686308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  30.51 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2952  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 399 aa  191  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00020  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.41 
 
 		 601 aa  181  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000882452  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  28.34 
 
 		 789 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 738 aa  167  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1503  TonB-dependent siderophore receptor  27.87 
 
 		 643 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  24.4 
 
 		 710 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  25.51 
 
 		 740 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  26.28 
 
 		 711 aa  162  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  25.37 
 
 		 770 aa  161  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 		 748 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  25.75 
 
 		 748 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  25.37 
 
 		 710 aa  161  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  25.49 
 
 		 797 aa  160  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  25.48 
 
 		 749 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5058  TonB-dependent siderophore receptor  25.53 
 
 		 715 aa  160  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00424318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  27.06 
 
 		 831 aa  156  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3203  TonB-dependent siderophore receptor  25.11 
 
 		 694 aa  156  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  27.83 
 
 		 745 aa  153  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  24.74 
 
 		 711 aa  153  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  26.49 
 
 		 700 aa  152  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0110  TonB dependent receptor  24.48 
 
 		 693 aa  152  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2239  TonB-dependent siderophore receptor  25.07 
 
 		 789 aa  150  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.609704 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  25.69 
 
 		 737 aa  150  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 707 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  24.96 
 
 		 697 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  25.62 
 
 		 701 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  24.63 
 
 		 742 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  24.2 
 
 		 742 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  25.19 
 
 		 779 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  26.77 
 
 		 710 aa  149  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0909  ferrioxamine B receptor  23.79 
 
 		 716 aa  149  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1876  TonB-dependent siderophore receptor  27.02 
 
 		 744 aa  148  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.150042  normal  0.0292257 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1595  TonB-dependent siderophore receptor  26.77 
 
 		 744 aa  147  6e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.603088  normal  0.0988814 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 757 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 709 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  25.43 
 
 		 727 aa  146  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1436  TonB-dependent siderophore receptor  27.47 
 
 		 750 aa  145  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 703 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  25.11 
 
 		 711 aa  144  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 753 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>