More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1225 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
517 aa  1068    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  38.74 
 
 
505 aa  378  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  28.43 
 
 
650 aa  226  9e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  32.87 
 
 
512 aa  223  4e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1053  diguanylate cyclase  29.3 
 
 
519 aa  206  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.258962 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1873  diguanylate cyclase  29.34 
 
 
509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.86 
 
 
578 aa  158  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.32 
 
 
464 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0812  metal dependent phosphohydrolase  32.73 
 
 
291 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3449  metal dependent phosphohydrolase  32.01 
 
 
291 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269119 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  41.81 
 
 
319 aa  143  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.22 
 
 
313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.22 
 
 
313 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.22 
 
 
313 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  40.84 
 
 
648 aa  140  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
316 aa  140  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.32 
 
 
591 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.71 
 
 
569 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
764 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
764 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  39.36 
 
 
343 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.89 
 
 
316 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.31 
 
 
413 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.24 
 
 
764 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  36.63 
 
 
350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3076  metal dependent phosphohydrolase  30.38 
 
 
408 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.79 
 
 
565 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  43.56 
 
 
458 aa  137  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 
314 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
345 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  43.56 
 
 
459 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
312 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 
459 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.55 
 
 
340 aa  137  6.0000000000000005e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 
797 aa  136  8e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.23 
 
 
531 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
322 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 
335 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
547 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  38.98 
 
 
451 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
580 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
717 aa  135  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0156  metal dependent phosphohydrolase  30.04 
 
 
412 aa  135  3e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.494474  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  41.34 
 
 
323 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.6 
 
 
319 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.96 
 
 
550 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.84 
 
 
345 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 
324 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  38.59 
 
 
294 aa  134  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 
326 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.76 
 
 
704 aa  133  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
487 aa  134  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
681 aa  134  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
525 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 
372 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  41.81 
 
 
653 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
260 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 
301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.18 
 
 
347 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.59 
 
 
391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  41.28 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  38.05 
 
 
327 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 
512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
320 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 
322 aa  131  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.76 
 
 
609 aa  131  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
460 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.76 
 
 
713 aa  131  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 
917 aa  131  3e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.18 
 
 
327 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.35 
 
 
172 aa  131  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  39.06 
 
 
335 aa  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.32 
 
 
458 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 
698 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.23 
 
 
638 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.32 
 
 
772 aa  131  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.66 
 
 
316 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 
312 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
569 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 
505 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 
901 aa  130  5.0000000000000004e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
382 aa  130  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
336 aa  130  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.22 
 
 
362 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 
301 aa  129  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 
730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  37.44 
 
 
251 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 
304 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.14 
 
 
359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  37.85 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 
355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2455  metal dependent phosphohydrolase  30.08 
 
 
455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  36.65 
 
 
439 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
323 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  44.72 
 
 
460 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 
312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>