137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2747 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014151  Cfla_2428  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.02 
 
 
1128 aa  693    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.550911  hitchhiker  0.0018506 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3908  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.78 
 
 
1141 aa  725    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00208129  normal  0.199175 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3372  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.71 
 
 
1143 aa  659    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.369157  normal  0.661883 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0901  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.12 
 
 
1082 aa  707    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0251  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.15 
 
 
1113 aa  721    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0918  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.12 
 
 
1082 aa  707    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200509  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1210  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.18 
 
 
1084 aa  723    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.809916  normal  0.696176 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0907  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.59 
 
 
1080 aa  717    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00623789 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5129  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  42.48 
 
 
1083 aa  710    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0179444  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10642  exonuclease V gamma subunit recC  43.52 
 
 
1097 aa  712    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.167031  normal  0.143221 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2747  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  100 
 
 
1151 aa  2254    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2296  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  43.11 
 
 
1103 aa  767    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.566051  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0992  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  40.81 
 
 
1158 aa  623  1e-177  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.218847  normal  0.146183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0582  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.01 
 
 
1091 aa  423  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1434  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.1 
 
 
1068 aa  406  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.686584  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2148  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.53 
 
 
1061 aa  399  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0325  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.64 
 
 
1071 aa  399  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00559956 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0345  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.41 
 
 
1074 aa  395  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.97 
 
 
1054 aa  360  9e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0996  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  29.32 
 
 
1075 aa  358  2.9999999999999997e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.958514 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1360  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.19 
 
 
1077 aa  351  5e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1894  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.99 
 
 
1060 aa  350  1e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000000164621 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0373  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  30.04 
 
 
1064 aa  348  4e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1402  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.64 
 
 
1077 aa  341  5.9999999999999996e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.937343  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0763  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.36 
 
 
1127 aa  325  4e-87  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1054  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.44 
 
 
1085 aa  312  2.9999999999999997e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3233  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.05 
 
 
1131 aa  300  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.911528 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1458  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.01 
 
 
1149 aa  298  3e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1905  exonuclease V subunit gamma  26.15 
 
 
1148 aa  298  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3159  exonuclease V subunit gamma  27.69 
 
 
1123 aa  293  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3142  exonuclease V subunit gamma  27.69 
 
 
1123 aa  292  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3222  exonuclease V subunit gamma  27.69 
 
 
1123 aa  293  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.790994  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3322  exonuclease V subunit gamma  27.69 
 
 
1123 aa  292  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.056399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3208  exonuclease V subunit gamma  27.3 
 
 
1123 aa  291  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.330224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3816  exonuclease V subunit gamma  27.01 
 
 
1123 aa  289  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.826552  normal  0.163807 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3040  exonuclease V subunit gamma  27.21 
 
 
1122 aa  289  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02670  exonuclease V (RecBCD complex), gamma chain  27.21 
 
 
1122 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4087  exonuclease V subunit gamma  27.21 
 
 
1122 aa  289  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.459792  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02631  hypothetical protein  27.21 
 
 
1122 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2968  exonuclease V subunit gamma  27.12 
 
 
1122 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0869  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.12 
 
 
1122 aa  287  8e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3142  exonuclease V subunit gamma  27.12 
 
 
1122 aa  287  8e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0893  exonuclease V subunit gamma  27.12 
 
 
1122 aa  287  8e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3391  exonuclease V subunit gamma  26.93 
 
 
1132 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.884703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2969  exonuclease V subunit gamma  27.12 
 
 
1122 aa  286  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.481674  normal  0.0228423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0912  exonuclease V subunit gamma  27.32 
 
 
1132 aa  283  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.986553  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55690  exodeoxyribonuclease V gamma chain  27.37 
 
 
1171 aa  282  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0012  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.34 
 
 
1197 aa  282  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3009  exonuclease V subunit gamma  26.07 
 
 
1128 aa  281  6e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03302  exonuclease V subunit gamma  24.96 
 
 
1164 aa  278  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1625  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.92 
 
 
1173 aa  278  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.158099  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3233  exonuclease V subunit gamma  25.9 
 
 
1123 aa  276  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3265  exonuclease V subunit gamma  26.54 
 
 
1124 aa  274  6e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.625608  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1041  exonuclease V subunit gamma  25.9 
 
 
1123 aa  274  7e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002684  exodeoxyribonuclease V gamma chain  25.09 
 
 
1163 aa  273  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0989  exonuclease V subunit gamma  25.81 
 
 
1123 aa  272  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1985  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.78 
 
 
1158 aa  267  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18739  normal  0.278857 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1756  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.56 
 
 
1166 aa  264  8.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2769  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  22.82 
 
 
1198 aa  262  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1900  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.12 
 
 
1163 aa  260  9e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4674  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.35 
 
 
1160 aa  258  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0516374 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10811  exodeoxyribonuclease V subunit C 125 kD polypeptide  23.91 
 
 
1105 aa  258  5e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.240018 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01027  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.77 
 
 
1206 aa  258  6e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0268  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.09 
 
 
1144 aa  256  1.0000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0688  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.16 
 
 
1150 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.131155  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0545  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  22.31 
 
 
1098 aa  255  3e-66  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.444064  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0803  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28 
 
 
1184 aa  254  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316931  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4538  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.44 
 
 
1160 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483988  normal  0.0568406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0776  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.24 
 
 
1158 aa  254  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4852  exodeoxyribonuclease V gamma chain  28.79 
 
 
1156 aa  253  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1271  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.74 
 
 
1164 aa  252  4e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0680  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  27.28 
 
 
1157 aa  250  9e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4569  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.51 
 
 
1169 aa  250  9e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0680  exonuclease V subunit gamma  24.6 
 
 
1127 aa  248  3e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0257765  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4672  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  26.05 
 
 
1159 aa  249  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0760  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.85 
 
 
1158 aa  249  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0191191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2024  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.35 
 
 
1162 aa  244  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.93867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51720  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.88 
 
 
1168 aa  243  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0563  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.28 
 
 
1183 aa  236  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.480964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2048  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.06 
 
 
1270 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2095  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.86 
 
 
1270 aa  235  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2533  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.82 
 
 
1270 aa  234  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568964  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0520  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.19 
 
 
1174 aa  233  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.318804  normal  0.0360548 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1613  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  27.12 
 
 
1124 aa  231  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.913537  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2641  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.34 
 
 
1190 aa  231  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4564  hypothetical protein  24.18 
 
 
1260 aa  229  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2278  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.18 
 
 
1260 aa  229  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0690  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  28.45 
 
 
1138 aa  229  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2110  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.73 
 
 
1226 aa  227  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1937  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.66 
 
 
1187 aa  227  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2170  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  23.32 
 
 
1063 aa  226  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.411228  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2290  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  24.07 
 
 
1274 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1411  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  26.51 
 
 
1077 aa  224  6e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.577344  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2351  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  25.26 
 
 
1375 aa  222  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2419  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  21.98 
 
 
1269 aa  221  5e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09591  exodeoxyribonuclease V gamma chain  26.55 
 
 
1103 aa  221  6e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.507283 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4322  exodeoxyribonuclease V, RecC subunit  28.81 
 
 
1112 aa  221  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1769.1  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.6 
 
 
1114 aa  218  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.368918  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0681  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.6 
 
 
1114 aa  218  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1389  exodeoxyribonuclease V, gamma subunit  29.41 
 
 
1197 aa  218  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.454262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>