More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3080 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  100 
 
 		 487 aa  917    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  51.75 
 
 		 485 aa  421  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  50.41 
 
 		 487 aa  394  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  28.74 
 
 		 410 aa  94  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 415 aa  88.2  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 410 aa  87.4  6e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  26.1 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  29.92 
 
 		 418 aa  80.1  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 418 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  27.37 
 
 		 398 aa  75.1  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 		 395 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  27.32 
 
 		 372 aa  73.6  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.93 
 
 		 432 aa  72  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  23.87 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  24.36 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  23.69 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  25.95 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  25.95 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  22.86 
 
 		 408 aa  70.1  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  25.37 
 
 		 442 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  23.98 
 
 		 385 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26.21 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  26.21 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  26.21 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  23.98 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  26.21 
 
 		 455 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  23.8 
 
 		 397 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  22.89 
 
 		 387 aa  67.4  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  23.19 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  25.98 
 
 		 415 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  23.59 
 
 		 412 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 340 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  23.33 
 
 		 443 aa  66.6  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.17 
 
 		 439 aa  66.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.756916 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 384 aa  65.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  22.88 
 
 		 414 aa  65.1  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  22.17 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  25.46 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  25.45 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  22.4 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  24.52 
 
 		 393 aa  63.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  23.89 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  25.45 
 
 		 442 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.93 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  23.24 
 
 		 379 aa  63.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  22.67 
 
 		 372 aa  63.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 403 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  34.19 
 
 		 380 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  25.29 
 
 		 392 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  26.55 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  22.56 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 455 aa  61.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4636  secretion protein HlyD  27.47 
 
 		 403 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  31.22 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3894  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.366041 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  26.34 
 
 		 377 aa  59.7  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 380 aa  58.9  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  28.23 
 
 		 378 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  24.18 
 
 		 416 aa  58.9  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.17 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4262  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal  0.668996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 391 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.47 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  29.2 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  34.54 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  34.38 
 
 		 413 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  40.48 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  37.32 
 
 		 413 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  40.48 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  40.48 
 
 		 418 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  24.84 
 
 		 398 aa  58.5  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 373 aa  57.8  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 395 aa  57.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  35.58 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  23.01 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  34.36 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  30.63 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 392 aa  57  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24.66 
 
 		 413 aa  57  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 406 aa  57  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  21.53 
 
 		 385 aa  57  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  25.53 
 
 		 368 aa  57  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 440 aa  57  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  26.65 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  19.81 
 
 		 443 aa  56.6  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  21.66 
 
 		 376 aa  56.6  0.0000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>