More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1502 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  57.2 
 
 		 251 aa  294  1e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  55.69 
 
 		 248 aa  279  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  42.23 
 
 		 251 aa  186  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.26 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.86 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  35.6 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  36.59 
 
 		 243 aa  158  8e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 253 aa  155  7e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.25 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.55 
 
 		 248 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  36.22 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 247 aa  149  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.06 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  35 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  35.95 
 
 		 246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.29 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  30.34 
 
 		 272 aa  123  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.74 
 
 		 253 aa  122  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.82 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 242 aa  119  6e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 		 246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  29.22 
 
 		 249 aa  112  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  33.09 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.8 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  29.92 
 
 		 260 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.1 
 
 		 275 aa  109  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 244 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 243 aa  108  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  30.8 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  29.78 
 
 		 261 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.63 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  105  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30.58 
 
 		 246 aa  105  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30.58 
 
 		 246 aa  105  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.87 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.4 
 
 		 256 aa  105  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  31.2 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 317 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.8 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  27.6 
 
 		 245 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.54 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.14 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.78 
 
 		 235 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  25.91 
 
 		 280 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  31.2 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  31.2 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  31.2 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  31.2 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.23 
 
 		 249 aa  102  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  31.2 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.95 
 
 		 237 aa  102  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 255 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  28.52 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  30.8 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.8 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.76 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.8 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.2 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.29 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 260 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  25.88 
 
 		 254 aa  100  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 252 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  28.8 
 
 		 239 aa  99.8  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  27.02 
 
 		 273 aa  99.4  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  28.22 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.8 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.99 
 
 		 237 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1924  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 250 aa  99  7e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  30.77 
 
 		 237 aa  98.6  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 266 aa  98.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  31.84 
 
 		 245 aa  97.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.6 
 
 		 256 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.72 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.18 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.06 
 
 		 265 aa  96.3  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.58 
 
 		 265 aa  96.3  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  27.91 
 
 		 268 aa  95.9  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.77 
 
 		 237 aa  95.9  5e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  29.22 
 
 		 250 aa  95.5  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  27.98 
 
 		 276 aa  95.1  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  30.91 
 
 		 243 aa  95.1  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.06 
 
 		 242 aa  95.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  31.95 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  29.02 
 
 		 257 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  26.94 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.8 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  26.8 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  29.88 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  28.22 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.84 
 
 		 236 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.28 
 
 		 244 aa  92.8  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>