More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5124 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
1015 aa  2062    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 
1013 aa  550  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.99 
 
 
1289 aa  194  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.48 
 
 
1301 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.54 
 
 
1034 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.87 
 
 
1098 aa  162  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.42 
 
 
1098 aa  161  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  27.7 
 
 
1136 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.14 
 
 
890 aa  158  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.04 
 
 
1098 aa  157  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.81 
 
 
827 aa  156  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.78 
 
 
890 aa  154  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  24.53 
 
 
1037 aa  150  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.48 
 
 
843 aa  147  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.07 
 
 
791 aa  144  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.53 
 
 
1253 aa  142  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
2693 aa  141  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.54 
 
 
457 aa  140  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.61 
 
 
1092 aa  140  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 
423 aa  138  6.0000000000000005e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 
3706 aa  138  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
531 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.79 
 
 
548 aa  137  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  31.8 
 
 
591 aa  137  9e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
408 aa  137  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  41.12 
 
 
398 aa  137  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.08 
 
 
464 aa  136  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.29 
 
 
1000 aa  136  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.02 
 
 
953 aa  135  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  23.79 
 
 
654 aa  135  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  40.57 
 
 
476 aa  134  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.1 
 
 
1774 aa  134  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.44 
 
 
437 aa  134  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0118  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.79 
 
 
1927 aa  134  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125924 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 
322 aa  133  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.56 
 
 
320 aa  133  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.2 
 
 
730 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.74 
 
 
1143 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
764 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.74 
 
 
1143 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.87 
 
 
796 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  43.5 
 
 
764 aa  132  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.31 
 
 
1432 aa  132  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.87 
 
 
800 aa  131  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
764 aa  130  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.59 
 
 
1078 aa  130  9.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.52 
 
 
953 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  47.4 
 
 
753 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 
710 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  37.57 
 
 
497 aa  130  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  26.74 
 
 
920 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  27.11 
 
 
1003 aa  129  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.41 
 
 
354 aa  129  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.29 
 
 
796 aa  129  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  35.69 
 
 
637 aa  129  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 
646 aa  128  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  38.03 
 
 
628 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.07 
 
 
578 aa  127  9e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3508  sensor histidine kinase  30.85 
 
 
729 aa  127  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.06 
 
 
1003 aa  126  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.93 
 
 
1051 aa  126  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0205417  normal  0.226343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 
485 aa  125  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
324 aa  126  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  41.06 
 
 
632 aa  125  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.43 
 
 
994 aa  126  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  35.59 
 
 
319 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
324 aa  126  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
732 aa  125  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
324 aa  125  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
565 aa  125  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 
572 aa  125  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 
796 aa  125  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  43.45 
 
 
385 aa  124  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  42.02 
 
 
382 aa  124  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.06 
 
 
1047 aa  124  7e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
625 aa  124  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.49 
 
 
342 aa  124  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
342 aa  124  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  26.69 
 
 
1415 aa  124  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
405 aa  124  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 
317 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 
550 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  31.96 
 
 
1006 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 
519 aa  124  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 
317 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.22 
 
 
342 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
758 aa  124  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.16 
 
 
769 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  41.34 
 
 
322 aa  123  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.44 
 
 
564 aa  123  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  26.52 
 
 
1410 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.25 
 
 
794 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  32.44 
 
 
614 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 
371 aa  122  3e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.72 
 
 
879 aa  122  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0123  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 
506 aa  122  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.489937  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
422 aa  122  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 
632 aa  122  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.64 
 
 
492 aa  122  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.08 
 
 
1276 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>