170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4047 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4047  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 231 aa  441  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3552  regulatory protein TetR  46.4 
 
 		 235 aa  184  8e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4446  hypothetical protein  39.31 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.25718 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4960  TetR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 230 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0493125  normal  0.261942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3270  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 225 aa  89.4  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.8331  normal  0.0947304 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1952  regulatory protein TetR  37.62 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3817  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  26.28 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 253 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5576  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 218 aa  58.5  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4572  putative transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145324  normal  0.111989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 272 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  37.14 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  31.39 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 304 aa  55.1  0.0000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 245 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  40.66 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0279  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 268 aa  54.3  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 249 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2177  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.191251  normal  0.46056 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 268 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 207 aa  52.8  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 223 aa  53.1  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 258 aa  52.8  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  33.06 
 
 		 240 aa  52.8  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 233 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  32.22 
 
 		 225 aa  52  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 		 228 aa  52  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 267 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 223 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 211 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0983  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1001  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1011  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.632644 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  30.4 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 183 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2572  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 239 aa  49.7  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.314261  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 244 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2211  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8156  putative transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 272 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3560  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.499755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 206 aa  49.3  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  28.37 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 230 aa  49.3  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  31.34 
 
 		 225 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  31.34 
 
 		 225 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  31.34 
 
 		 225 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 229 aa  48.9  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 257 aa  48.9  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1322  TetR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 173 aa  48.5  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 212 aa  48.5  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 235 aa  48.5  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 234 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5480  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  21.57 
 
 		 190 aa  48.1  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  24.89 
 
 		 247 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 		 214 aa  48.1  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  27.86 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 210 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 281 aa  47  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  27.42 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7060  tetracycline repressor domain-containing protein  30.16 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0598818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  35.62 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2052  putative transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 241 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.654374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7540  putative transcriptional regulator, TetR family  34.53 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.739082 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1702  regulatory protein TetR  30.06 
 
 		 199 aa  47  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0439  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 199 aa  46.6  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  26.83 
 
 		 266 aa  46.2  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2916  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 216 aa  46.6  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  41.67 
 
 		 221 aa  46.2  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 208 aa  46.2  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>