More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1153 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  97.32 
 
 
596 aa  1097    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  100 
 
 
596 aa  1181    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  43.3 
 
 
618 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  32.44 
 
 
601 aa  184  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  28.48 
 
 
638 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  29.15 
 
 
614 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  29.53 
 
 
577 aa  144  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.33 
 
 
627 aa  144  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  28.57 
 
 
634 aa  144  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 
930 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.33 
 
 
506 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  27.09 
 
 
565 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.09 
 
 
1294 aa  140  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.47 
 
 
1299 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.9 
 
 
840 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  26.81 
 
 
636 aa  139  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  26.69 
 
 
631 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 
664 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 
664 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.81 
 
 
1260 aa  137  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 
664 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 
664 aa  138  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.5 
 
 
855 aa  136  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  25.47 
 
 
578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.24 
 
 
907 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  43.29 
 
 
737 aa  135  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.92 
 
 
1244 aa  135  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.53 
 
 
1050 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  38.65 
 
 
814 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  48.75 
 
 
903 aa  134  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  38.65 
 
 
735 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.72 
 
 
633 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  38.58 
 
 
572 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0221  GGDEF domain-containing protein  42.07 
 
 
710 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.63 
 
 
917 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 
659 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  46.79 
 
 
1245 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.44 
 
 
860 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.44 
 
 
860 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  41.18 
 
 
829 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  45.4 
 
 
828 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  43.53 
 
 
808 aa  132  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  38.16 
 
 
892 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  40 
 
 
297 aa  131  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  35.98 
 
 
892 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  35.98 
 
 
892 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.24 
 
 
1264 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.11 
 
 
1066 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
659 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  44.32 
 
 
792 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  35.98 
 
 
892 aa  130  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  36.4 
 
 
604 aa  130  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.61 
 
 
1247 aa  130  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  35.98 
 
 
735 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
659 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 
659 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  36.4 
 
 
892 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.84 
 
 
689 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.2 
 
 
1247 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.26 
 
 
568 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  45.03 
 
 
1247 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.03 
 
 
1247 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  47.44 
 
 
1245 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 
1248 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  44.79 
 
 
1057 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
1144 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  42.02 
 
 
1093 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.35 
 
 
953 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  42.2 
 
 
314 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 
696 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.23 
 
 
696 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 
947 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37690  putative sensory box protein  43.56 
 
 
864 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0535605 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.47 
 
 
705 aa  127  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  38.55 
 
 
1515 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.53 
 
 
729 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 
757 aa  127  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.35 
 
 
953 aa  127  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.79 
 
 
755 aa  127  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.2 
 
 
865 aa  127  7e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.01 
 
 
784 aa  127  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  47.47 
 
 
613 aa  127  8.000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
1504 aa  126  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  45.76 
 
 
450 aa  126  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  37.89 
 
 
937 aa  126  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
565 aa  126  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.02 
 
 
699 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.37 
 
 
562 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
1504 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  48.37 
 
 
562 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
557 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  26.61 
 
 
673 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.22 
 
 
714 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.91 
 
 
1508 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.41 
 
 
319 aa  125  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  41.12 
 
 
642 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.29 
 
 
833 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2301  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 
550 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.465662 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.08 
 
 
1275 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  40.13 
 
 
432 aa  125  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>