More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0037 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  58.5 
 
 		 781 aa  799    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  51.22 
 
 		 842 aa  652    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  100 
 
 		 745 aa  1471    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  49.5 
 
 		 761 aa  601  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  46.59 
 
 		 782 aa  598  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  47.8 
 
 		 778 aa  597  1e-169  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  49.24 
 
 		 776 aa  587  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  47.19 
 
 		 752 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  47.19 
 
 		 752 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  47.59 
 
 		 750 aa  581  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  45.56 
 
 		 783 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  45.43 
 
 		 783 aa  571  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  46.57 
 
 		 783 aa  571  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  47.29 
 
 		 781 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  46.38 
 
 		 790 aa  565  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  48.14 
 
 		 762 aa  566  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  45.71 
 
 		 787 aa  568  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  46.1 
 
 		 781 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  46.84 
 
 		 765 aa  565  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  48.15 
 
 		 754 aa  562  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  46.59 
 
 		 792 aa  561  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  47.19 
 
 		 790 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  48.25 
 
 		 762 aa  560  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  47.21 
 
 		 782 aa  556  1e-157  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  44.14 
 
 		 681 aa  552  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  47.67 
 
 		 791 aa  550  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  45.57 
 
 		 790 aa  545  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  44.62 
 
 		 790 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  46.12 
 
 		 789 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  48.59 
 
 		 751 aa  538  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  45.23 
 
 		 788 aa  535  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  47.73 
 
 		 787 aa  533  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  46.16 
 
 		 795 aa  535  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  46.09 
 
 		 788 aa  533  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  45.38 
 
 		 754 aa  530  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  43.2 
 
 		 792 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  46.39 
 
 		 773 aa  521  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  45.45 
 
 		 777 aa  511  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  42.6 
 
 		 769 aa  510  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  43.13 
 
 		 766 aa  483  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.25 
 
 		 759 aa  472  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  37.01 
 
 		 840 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  39.43 
 
 		 758 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  36.9 
 
 		 870 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  38.77 
 
 		 722 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  36.78 
 
 		 876 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.79 
 
 		 857 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.77 
 
 		 871 aa  405  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.65 
 
 		 857 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  40.32 
 
 		 819 aa  406  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  37.29 
 
 		 857 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  37.13 
 
 		 833 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  37.43 
 
 		 859 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  36.13 
 
 		 804 aa  402  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  38.34 
 
 		 842 aa  400  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  38.47 
 
 		 848 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  37.73 
 
 		 833 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  38.7 
 
 		 803 aa  396  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  37.7 
 
 		 864 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  36.9 
 
 		 830 aa  398  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.62 
 
 		 758 aa  397  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  40.75 
 
 		 827 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  40.75 
 
 		 827 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  40.75 
 
 		 896 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  38.65 
 
 		 812 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  37.88 
 
 		 833 aa  395  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  40.75 
 
 		 896 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  40.75 
 
 		 827 aa  396  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  40.65 
 
 		 828 aa  395  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  38.65 
 
 		 838 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  39.14 
 
 		 836 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  36.6 
 
 		 834 aa  394  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  42.09 
 
 		 842 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  38.65 
 
 		 838 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  38.65 
 
 		 838 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  36.61 
 
 		 821 aa  395  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  40.75 
 
 		 886 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.89 
 
 		 805 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  37.24 
 
 		 817 aa  392  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.82 
 
 		 735 aa  389  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  39.29 
 
 		 838 aa  392  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  40.26 
 
 		 817 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  36.61 
 
 		 861 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  40.26 
 
 		 817 aa  392  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.19 
 
 		 813 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.19 
 
 		 813 aa  388  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.97 
 
 		 1055 aa  387  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  40.26 
 
 		 895 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.19 
 
 		 813 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  35.56 
 
 		 828 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.06 
 
 		 813 aa  385  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.56 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  38.79 
 
 		 764 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.59 
 
 		 937 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.19 
 
 		 813 aa  385  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.56 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.19 
 
 		 813 aa  385  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  37 
 
 		 824 aa  385  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.56 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  37.19 
 
 		 813 aa  385  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>