More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05482 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  34.96 
 
 		 1541 aa  662    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  34.82 
 
 		 1541 aa  660    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  100 
 
 		 1517 aa  3085    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  34.82 
 
 		 1541 aa  660    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  34.82 
 
 		 1541 aa  659    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  34.26 
 
 		 1553 aa  650    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  34.87 
 
 		 1541 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  61.3 
 
 		 1495 aa  1661    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  62.63 
 
 		 1494 aa  1690    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  58.1 
 
 		 1487 aa  1694    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  62.63 
 
 		 1494 aa  1690    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  34.82 
 
 		 1541 aa  660    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  35.31 
 
 		 1381 aa  635  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  33.38 
 
 		 1527 aa  578  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  34.3 
 
 		 1189 aa  514  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  33.65 
 
 		 1259 aa  475  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  31.61 
 
 		 1422 aa  469  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  33.1 
 
 		 1485 aa  460  1e-127  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  30.61 
 
 		 1437 aa  450  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  34.73 
 
 		 1509 aa  443  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  30.27 
 
 		 1428 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  30.59 
 
 		 1423 aa  435  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  30.8 
 
 		 1475 aa  435  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  30.13 
 
 		 1457 aa  432  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  31.71 
 
 		 1639 aa  432  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  30.5 
 
 		 1447 aa  428  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  30.82 
 
 		 1489 aa  419  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  31.76 
 
 		 1197 aa  414  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  28.85 
 
 		 1699 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  33.83 
 
 		 1488 aa  409  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  31.79 
 
 		 1495 aa  394  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  30.59 
 
 		 1679 aa  393  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  31.12 
 
 		 1528 aa  385  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  30.56 
 
 		 1673 aa  385  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  30.31 
 
 		 1518 aa  381  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  31.64 
 
 		 1508 aa  374  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  28.73 
 
 		 1616 aa  358  5.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  27.2 
 
 		 1600 aa  357  6.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  29.84 
 
 		 1528 aa  355  5e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  28.59 
 
 		 1505 aa  353  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  28.59 
 
 		 1446 aa  342  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  33.18 
 
 		 931 aa  333  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  27.8 
 
 		 1400 aa  331  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  26.73 
 
 		 1411 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  30.14 
 
 		 1614 aa  328  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  28.17 
 
 		 1421 aa  327  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  27.48 
 
 		 1385 aa  323  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.85 
 
 		 1409 aa  318  7e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  27.58 
 
 		 1386 aa  314  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  28.06 
 
 		 1611 aa  311  8e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.96 
 
 		 1576 aa  308  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  26.67 
 
 		 1359 aa  305  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  29.31 
 
 		 1572 aa  304  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  29.59 
 
 		 1586 aa  298  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.14 
 
 		 1595 aa  296  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  27.46 
 
 		 1419 aa  293  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  26.77 
 
 		 1390 aa  291  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1531 aa  288  5.999999999999999e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  28.83 
 
 		 1527 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  26.65 
 
 		 1368 aa  286  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  27.17 
 
 		 1568 aa  285  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  27.95 
 
 		 1547 aa  283  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  25.98 
 
 		 1379 aa  283  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  26.73 
 
 		 1418 aa  283  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 		 1520 aa  281  9e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  28.07 
 
 		 1551 aa  280  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  27.47 
 
 		 1401 aa  278  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  26.49 
 
 		 1229 aa  276  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  26.55 
 
 		 1402 aa  275  5.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  29.78 
 
 		 1362 aa  273  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  30.61 
 
 		 2144 aa  271  5e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  27.59 
 
 		 1434 aa  271  7e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  26.72 
 
 		 1981 aa  271  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.99 
 
 		 1550 aa  268  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  27.41 
 
 		 1429 aa  265  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  26.27 
 
 		 1609 aa  261  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1620 aa  259  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.14 
 
 		 1626 aa  257  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  28.51 
 
 		 924 aa  255  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  28.28 
 
 		 1586 aa  250  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  26.95 
 
 		 1560 aa  247  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  26 
 
 		 1348 aa  244  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.54 
 
 		 1352 aa  244  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  28.54 
 
 		 1602 aa  244  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  25.72 
 
 		 1410 aa  242  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  27.6 
 
 		 1554 aa  235  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.99 
 
 		 1530 aa  234  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  28.05 
 
 		 1600 aa  232  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  25.49 
 
 		 1573 aa  229  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.49 
 
 		 1543 aa  228  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.8 
 
 		 1492 aa  228  9e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.49 
 
 		 1552 aa  226  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  27.77 
 
 		 1428 aa  224  7e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  27.77 
 
 		 1579 aa  224  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 2035 aa  224  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  24.49 
 
 		 1466 aa  223  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.82 
 
 		 2277 aa  219  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  25.54 
 
 		 1583 aa  219  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  26.25 
 
 		 1150 aa  217  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  26.17 
 
 		 1150 aa  216  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>