More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2815 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 457 aa  918    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  61.56 
 
 		 466 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  61.49 
 
 		 457 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  60.83 
 
 		 457 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  60.61 
 
 		 457 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  60.83 
 
 		 457 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  59.08 
 
 		 457 aa  533  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  58.86 
 
 		 457 aa  523  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  57.42 
 
 		 457 aa  508  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  57.3 
 
 		 455 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  55.9 
 
 		 457 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  55.41 
 
 		 457 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  56.77 
 
 		 457 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  55.02 
 
 		 454 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  56.02 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.33 
 
 		 457 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.15 
 
 		 469 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  53.04 
 
 		 457 aa  461  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  49.34 
 
 		 460 aa  444  1e-123  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.97 
 
 		 454 aa  443  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.33 
 
 		 457 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.99 
 
 		 457 aa  433  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  52.99 
 
 		 457 aa  433  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.72 
 
 		 461 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  48.48 
 
 		 458 aa  428  1e-119  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 457 aa  425  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  48.16 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  48.37 
 
 		 458 aa  423  1e-117  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  48.16 
 
 		 456 aa  419  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  43.36 
 
 		 456 aa  371  1e-101  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 464 aa  311  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.14 
 
 		 462 aa  305  9.000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 461 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 461 aa  228  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 464 aa  226  8e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 467 aa  225  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 461 aa  221  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 308 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 308 aa  192  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1988  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 		 435 aa  184  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 322 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.87 
 
 		 316 aa  179  7e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 314 aa  179  9e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.28 
 
 		 308 aa  178  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 580 aa  178  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 		 860 aa  176  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 		 860 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 319 aa  173  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  35.86 
 
 		 565 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34 
 
 		 314 aa  171  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 461 aa  169  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 317 aa  169  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 322 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.16 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.16 
 
 		 306 aa  166  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 322 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 317 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 317 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 661 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 632 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 		 703 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 555 aa  161  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.33 
 
 		 715 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  30.56 
 
 		 323 aa  161  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  31.59 
 
 		 705 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 351 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  31.17 
 
 		 705 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 301 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 322 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 338 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  35.67 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 917 aa  156  7e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 362 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 634 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 419 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.01 
 
 		 436 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 310 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 372 aa  154  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 315 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 715 aa  153  7e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 344 aa  153  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  33.77 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 322 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 574 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>