More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0098 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  53.47 
 
 
866 aa  825  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  58.42 
 
 
956 aa  848  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
865 aa  1675  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  51.52 
 
 
932 aa  751  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  56.9 
 
 
930 aa  840  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  52.31 
 
 
685 aa  632  1e-180  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  48.75 
 
 
730 aa  576  1e-163  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  51.73 
 
 
607 aa  437  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  48.4 
 
 
547 aa  409  1e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  44.52 
 
 
572 aa  365  2e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  42.04 
 
 
562 aa  353  6e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.93 
 
 
553 aa  317  9e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  43 
 
 
546 aa  309  2e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  40.36 
 
 
723 aa  294  5e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  59.47 
 
 
427 aa  288  4e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  37.54 
 
 
627 aa  271  3e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  37.44 
 
 
607 aa  252  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  52.12 
 
 
576 aa  248  4e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  37.74 
 
 
618 aa  239  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  46.13 
 
 
614 aa  236  1e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  32.99 
 
 
574 aa  229  2e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  40.48 
 
 
760 aa  228  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  53.01 
 
 
770 aa  221  3e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  36.57 
 
 
544 aa  220  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  49.02 
 
 
652 aa  218  4e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  35.51 
 
 
585 aa  208  3e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  44.88 
 
 
308 aa  204  7e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  39.06 
 
 
583 aa  201  4e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.23 
 
 
692 aa  200  1e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  34 
 
 
670 aa  195  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  34.71 
 
 
580 aa  183  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.43 
 
 
576 aa  182  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 
989 aa  178  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  31.33 
 
 
570 aa  177  8e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  29.71 
 
 
688 aa  175  4e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  42.91 
 
 
567 aa  172  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  33.1 
 
 
581 aa  171  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  29.11 
 
 
817 aa  167  8e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  43.65 
 
 
775 aa  163  1e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  35 
 
 
716 aa  157  6e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.55 
 
 
450 aa  156  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  40.82 
 
 
745 aa  153  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  34.54 
 
 
1039 aa  153  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.12 
 
 
1711 aa  150  1e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  34.14 
 
 
757 aa  145  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  32.22 
 
 
721 aa  145  3e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  31.69 
 
 
753 aa  145  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  30.99 
 
 
744 aa  144  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  36.67 
 
 
573 aa  144  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.23 
 
 
583 aa  142  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.5 
 
 
1045 aa  142  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  34.47 
 
 
512 aa  142  4e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.53 
 
 
613 aa  140  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  36.52 
 
 
453 aa  139  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 
1248 aa  139  3e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  32.34 
 
 
591 aa  139  3e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  31.05 
 
 
743 aa  138  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1043  sensory box histidine kinase  43.41 
 
 
767 aa  137  1e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.382651  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.84 
 
 
616 aa  137  1e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  37.18 
 
 
746 aa  137  1e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  31.5 
 
 
765 aa  135  2e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.38 
 
 
560 aa  136  2e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  33.85 
 
 
692 aa  136  2e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.94 
 
 
743 aa  135  4e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  27.11 
 
 
702 aa  134  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  33.94 
 
 
697 aa  134  8e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.63 
 
 
688 aa  133  1e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  4.25716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  29.54 
 
 
754 aa  132  2e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  36.67 
 
 
828 aa  132  4e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  37.13 
 
 
851 aa  132  4e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  37.17 
 
 
771 aa  132  4e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  32.72 
 
 
713 aa  131  5e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
1361 aa  130  9e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.79 
 
 
750 aa  130  1e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 
1478 aa  130  1e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.05 
 
 
633 aa  130  1e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.88 
 
 
579 aa  129  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
700 aa  129  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.29 
 
 
697 aa  127  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  31.6 
 
 
437 aa  127  8e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  32.05 
 
 
776 aa  127  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  26.9 
 
 
709 aa  126  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.2 
 
 
779 aa  126  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.45 
 
 
1054 aa  126  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  30.86 
 
 
594 aa  125  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.69 
 
 
728 aa  125  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  30.09 
 
 
688 aa  123  1e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.06 
 
 
1385 aa  123  1e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.96 
 
 
861 aa  121  4e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  35.19 
 
 
693 aa  121  5e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  38.84 
 
 
260 aa  121  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  37.41 
 
 
1017 aa  121  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  32.63 
 
 
693 aa  120  8e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5247  putative GAF sensor protein  35.83 
 
 
431 aa  120  2e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  41.1 
 
 
797 aa  119  2e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5158  serine phosphatase  35.83 
 
 
431 aa  120  2e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.43 
 
 
952 aa  119  2e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2725  diguanylate cyclase  46.09 
 
 
479 aa  119  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443683  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.1 
 
 
1051 aa  118  4e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3329  ANTAR domain protein with unknown sensor  37.74 
 
 
830 aa  119  4e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>