More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3501 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
1225 aa  2331    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  47.46 
 
 
1432 aa  848    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  38.86 
 
 
1045 aa  239  3e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  36.71 
 
 
817 aa  228  5.0000000000000005e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  36.44 
 
 
697 aa  223  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  40.1 
 
 
855 aa  219  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  33.44 
 
 
713 aa  216  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.78 
 
 
573 aa  216  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.39 
 
 
1039 aa  213  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.25 
 
 
952 aa  212  4e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.28 
 
 
616 aa  204  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.76 
 
 
579 aa  199  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  34.01 
 
 
591 aa  188  7e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  35.6 
 
 
722 aa  181  8e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  30.14 
 
 
754 aa  178  5e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  38.14 
 
 
528 aa  177  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  31.96 
 
 
744 aa  176  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.34 
 
 
743 aa  169  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  31.86 
 
 
693 aa  167  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  31.82 
 
 
700 aa  164  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  31.56 
 
 
753 aa  163  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  31.7 
 
 
688 aa  163  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  31.79 
 
 
765 aa  163  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  40 
 
 
713 aa  161  7e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
1385 aa  159  3e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  39.33 
 
 
643 aa  157  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  39.33 
 
 
594 aa  156  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  33.49 
 
 
851 aa  152  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 
776 aa  150  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  33.74 
 
 
828 aa  150  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.67 
 
 
750 aa  149  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 
1361 aa  147  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 
1390 aa  146  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
1390 aa  145  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
1390 aa  145  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.82 
 
 
697 aa  144  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
1248 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
1711 aa  138  8e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
1370 aa  137  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  32.58 
 
 
688 aa  134  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.94 
 
 
738 aa  130  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  30.28 
 
 
670 aa  129  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.51 
 
 
583 aa  128  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  31.47 
 
 
692 aa  126  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  32.94 
 
 
572 aa  126  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  29.77 
 
 
865 aa  124  8e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  31.67 
 
 
721 aa  123  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  36.92 
 
 
723 aa  122  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  27.27 
 
 
607 aa  122  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  34.85 
 
 
757 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  35.44 
 
 
685 aa  119  3.9999999999999997e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.39 
 
 
692 aa  119  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
1383 aa  118  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  36.54 
 
 
544 aa  117  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  33.54 
 
 
570 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  35.77 
 
 
580 aa  116  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  29.69 
 
 
932 aa  116  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  31.22 
 
 
537 aa  116  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  31.01 
 
 
607 aa  115  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  32.03 
 
 
709 aa  114  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.29 
 
 
702 aa  114  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.06 
 
 
711 aa  114  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  30.31 
 
 
745 aa  113  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.42 
 
 
585 aa  112  6e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  32.56 
 
 
1017 aa  111  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.59 
 
 
775 aa  111  7.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.93 
 
 
560 aa  110  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  32.5 
 
 
730 aa  110  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  37.92 
 
 
866 aa  110  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  26.59 
 
 
585 aa  109  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 
562 aa  109  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  31.09 
 
 
574 aa  108  5e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 
1557 aa  108  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  31.72 
 
 
693 aa  108  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.36 
 
 
964 aa  108  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4619  putative PAS/PAC sensor protein  37.07 
 
 
409 aa  107  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  28.94 
 
 
746 aa  107  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  32.73 
 
 
546 aa  107  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  34.04 
 
 
652 aa  107  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  33.45 
 
 
760 aa  107  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  34.04 
 
 
614 aa  107  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.39 
 
 
1051 aa  107  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.58 
 
 
549 aa  106  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  30.42 
 
 
930 aa  105  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  34.34 
 
 
427 aa  102  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  28.06 
 
 
771 aa  102  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
676 aa  102  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.5 
 
 
453 aa  101  7e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  35 
 
 
956 aa  101  8e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.22 
 
 
553 aa  100  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  38.89 
 
 
395 aa  99.8  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 
1255 aa  98.6  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2087  putative PAS/PAC sensor protein  32.13 
 
 
666 aa  97.8  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000976195  normal  0.0252685 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2114  anti-sigma-factor antagonist  34.33 
 
 
618 aa  96.7  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39314  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  31.94 
 
 
567 aa  96.7  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  28.81 
 
 
716 aa  95.9  4e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  34.12 
 
 
308 aa  95.9  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2083  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.91 
 
 
672 aa  94  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  36.41 
 
 
772 aa  94  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.03 
 
 
576 aa  94.4  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>