191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2378 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
299 aa  591  1e-168  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000241123  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.92 
 
 
320 aa  282  5.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10309  dehydrogenase/reductase  35.62 
 
 
302 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0691061  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0924  Protochlorophyllide reductase  41.3 
 
 
301 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
301 aa  101  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00347344 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.58 
 
 
294 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 
292 aa  82  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
287 aa  82  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3108  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  30.41 
 
 
300 aa  79  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
290 aa  77.8  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.87 
 
 
289 aa  77  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
349 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
282 aa  73.6  0.000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
292 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.08 
 
 
340 aa  73.2  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  29.81 
 
 
302 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 
304 aa  70.5  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 
285 aa  69.7  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
279 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  29.5 
 
 
303 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.85 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  25.32 
 
 
365 aa  66.2  0.0000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.38 
 
 
307 aa  65.9  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.23 
 
 
277 aa  65.1  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0294  protochlorophyllide oxidoreductase  25.62 
 
 
329 aa  64.7  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.920312 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 
278 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 
278 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.56 
 
 
278 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3774  protochlorophyllide oxidoreductase  28.1 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0260841  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3722  protochlorophyllide oxidoreductase  28.1 
 
 
320 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4969  protochlorophyllide oxidoreductase  25.83 
 
 
325 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
292 aa  63.5  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  30.56 
 
 
272 aa  63.5  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  28.79 
 
 
306 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  28.79 
 
 
306 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
295 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  27.82 
 
 
318 aa  62.4  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1268  chlorophyll synthase / NADPH-protochlorophyllide oxidoreductase  33.48 
 
 
328 aa  62  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  29.25 
 
 
311 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0190  light-dependent protochlorophyllide reductase  26.69 
 
 
321 aa  60.5  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.71364  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2697  putative daunorubicin C-13 ketoreductase  31.72 
 
 
257 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114176  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0109  protochlorophyllide oxidoreductase  26.61 
 
 
323 aa  60.1  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.1 
 
 
271 aa  60.1  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_4520  predicted protein  28.87 
 
 
330 aa  59.7  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.645511  normal  0.871752 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  28.48 
 
 
306 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
288 aa  59.3  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
296 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.64 
 
 
288 aa  59.3  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  27.3 
 
 
303 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
286 aa  58.9  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.37 
 
 
271 aa  58.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1998  protochlorophyllide oxidoreductase  26.75 
 
 
320 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07921  protochlorophyllide oxidoreductase  27.92 
 
 
334 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
284 aa  58.5  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 
307 aa  58.5  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
326 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  28.84 
 
 
299 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.66 
 
 
312 aa  57.4  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.05 
 
 
316 aa  56.6  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  29.97 
 
 
300 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05681  protochlorophyllide oxidoreductase  24.82 
 
 
334 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32314  predicted protein  28.71 
 
 
388 aa  56.2  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
305 aa  55.8  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13231  putative light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  28.78 
 
 
348 aa  55.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.379961 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 
304 aa  55.8  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  28.48 
 
 
300 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  28.48 
 
 
300 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07926  conserved hypothetical protein  26.85 
 
 
331 aa  54.7  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.686054  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0542  protochlorophyllide oxidoreductase  23.84 
 
 
334 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  28.69 
 
 
309 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.19 
 
 
273 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 
269 aa  54.3  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05981  protochlorophyllide oxidoreductase  24.64 
 
 
334 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  28.46 
 
 
309 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.4 
 
 
286 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_35460  predicted protein  26.19 
 
 
301 aa  53.5  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  30.52 
 
 
274 aa  53.5  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.31 
 
 
268 aa  52.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  37.32 
 
 
255 aa  52.8  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00301045  normal  0.0643774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.93 
 
 
281 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02813  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_2G04560)  30.85 
 
 
268 aa  52.4  0.000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000285176  normal  0.115904 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  27.87 
 
 
309 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04373  conserved hypothetical protein  28.69 
 
 
417 aa  52  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.208641 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
335 aa  51.6  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000012318  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03226  conserved hypothetical protein  25.53 
 
 
312 aa  52  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
266 aa  52  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.74 
 
 
276 aa  52  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
259 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.15 
 
 
313 aa  52  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
278 aa  51.2  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.207273  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1216  light-dependent protochlorophyllide oxido-reductase  28.98 
 
 
322 aa  51.2  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  30.29 
 
 
317 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
347 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34307  predicted protein  31.71 
 
 
344 aa  50.8  0.00003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.71 
 
 
281 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 
326 aa  50.8  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.89 
 
 
288 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  29.52 
 
 
283 aa  50.4  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>