More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0324 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
271 aa  536  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
280 aa  216  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
276 aa  216  4e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.3 
 
 
305 aa  212  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.29 
 
 
286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
349 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 
281 aa  193  3e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
292 aa  193  3e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.24 
 
 
281 aa  191  1e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.73 
 
 
286 aa  190  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.36 
 
 
281 aa  188  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
266 aa  186  3e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.96 
 
 
292 aa  172  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.46 
 
 
277 aa  172  5.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
287 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
285 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.85 
 
 
287 aa  165  8e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
297 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  33.58 
 
 
271 aa  160  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
326 aa  159  6e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
291 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
269 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
268 aa  155  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
288 aa  153  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
292 aa  152  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
284 aa  152  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
317 aa  151  1e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
309 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
312 aa  149  6e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
270 aa  148  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
290 aa  145  6e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  36.3 
 
 
300 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  34.72 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
324 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
324 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 
300 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
298 aa  138  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 
300 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
282 aa  137  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.01 
 
 
304 aa  137  2e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
300 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
307 aa  134  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  32.98 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  35.31 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
305 aa  133  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 
327 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  35.4 
 
 
365 aa  133  3.9999999999999996e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
326 aa  132  6e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  35.17 
 
 
303 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
298 aa  132  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  36.33 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.22 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  36.62 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  31.38 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  34.75 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  32.73 
 
 
598 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  31.79 
 
 
309 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 
303 aa  130  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.1 
 
 
312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  31.32 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
297 aa  128  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
290 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
341 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.406343  normal  0.0918592 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  35.49 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  30.96 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
318 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 
306 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 
306 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  34.16 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.07 
 
 
272 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  35.37 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
320 aa  126  5e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
305 aa  126  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
338 aa  126  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 
301 aa  125  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
317 aa  125  8.000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  35.94 
 
 
283 aa  125  8.000000000000001e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
268 aa  125  9e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.99 
 
 
313 aa  125  9e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
326 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  32.63 
 
 
300 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
305 aa  123  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
306 aa  122  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
311 aa  122  5e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  34.49 
 
 
306 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
343 aa  122  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.550402 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
341 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>