More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3483 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
281 aa  550  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.44 
 
 
281 aa  533  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.88 
 
 
286 aa  518  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.48 
 
 
284 aa  330  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
326 aa  248  6e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.74 
 
 
349 aa  238  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.25 
 
 
292 aa  236  4e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.64 
 
 
287 aa  232  4.0000000000000004e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
292 aa  230  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.65 
 
 
285 aa  222  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.73 
 
 
292 aa  218  6e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.2 
 
 
277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 
297 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
289 aa  202  7e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
291 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
309 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.03 
 
 
281 aa  178  1e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
298 aa  177  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  40.83 
 
 
304 aa  177  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.17 
 
 
292 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  39.72 
 
 
303 aa  171  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.69 
 
 
271 aa  169  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  40.42 
 
 
302 aa  168  8e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
307 aa  166  4e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  40.43 
 
 
598 aa  166  5e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  38.33 
 
 
300 aa  165  6.9999999999999995e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
300 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 
298 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
280 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  37.88 
 
 
306 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  37.88 
 
 
306 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
305 aa  159  5e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  38.54 
 
 
303 aa  157  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
278 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
278 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
278 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
290 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
306 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
316 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
273 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  37.68 
 
 
296 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
326 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.48 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
315 aa  153  4e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
304 aa  152  4e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 
312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  38.33 
 
 
299 aa  152  8.999999999999999e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
282 aa  150  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
312 aa  150  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.7 
 
 
288 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 
305 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  35.99 
 
 
311 aa  149  4e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
276 aa  149  7e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
301 aa  148  8e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
290 aa  148  9e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  41.87 
 
 
274 aa  148  9e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  36.93 
 
 
306 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.95 
 
 
273 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
307 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
306 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
271 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
301 aa  143  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  37.67 
 
 
317 aa  142  6e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
312 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.18 
 
 
340 aa  140  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
317 aa  138  8.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
327 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
288 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  35.09 
 
 
302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  34.84 
 
 
300 aa  136  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
269 aa  135  8e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
296 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
326 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
298 aa  133  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  32.11 
 
 
309 aa  132  9e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
284 aa  132  9e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
303 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  30.53 
 
 
311 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
304 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  30.54 
 
 
318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
312 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.863347  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
305 aa  129  7.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 
307 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
280 aa  128  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 
313 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
313 aa  128  8.000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  30.49 
 
 
309 aa  128  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  28.92 
 
 
308 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.88 
 
 
328 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>