More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3678 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
292 aa  591  1e-168  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.04 
 
 
292 aa  535  1e-151  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.98 
 
 
285 aa  268  1e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 
277 aa  251  7e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
287 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.44 
 
 
281 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.69 
 
 
349 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.31 
 
 
286 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.01 
 
 
292 aa  231  8.000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
284 aa  221  9e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
289 aa  207  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.04 
 
 
291 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.14 
 
 
297 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.12 
 
 
281 aa  198  7.999999999999999e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
312 aa  194  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
290 aa  186  4e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.37 
 
 
301 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
316 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.45 
 
 
292 aa  178  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
279 aa  178  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.85 
 
 
290 aa  172  5.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  38.06 
 
 
303 aa  170  3e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
296 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.96 
 
 
271 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
282 aa  167  2e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.28 
 
 
328 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  37.54 
 
 
300 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
276 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.65 
 
 
280 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  38.97 
 
 
302 aa  162  9e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  39.67 
 
 
329 aa  161  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  37.19 
 
 
300 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  37.19 
 
 
300 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  40.67 
 
 
273 aa  161  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  39.67 
 
 
333 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  38.38 
 
 
311 aa  160  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.67 
 
 
329 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  38.83 
 
 
272 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
269 aa  159  5e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
304 aa  158  8e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
305 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
298 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  37.88 
 
 
306 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  37.67 
 
 
300 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  37.88 
 
 
306 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  37.54 
 
 
306 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.19 
 
 
274 aa  156  4e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
326 aa  155  5.0000000000000005e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 
305 aa  155  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
280 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  39.25 
 
 
303 aa  155  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  38.54 
 
 
317 aa  155  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.36 
 
 
313 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
284 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
298 aa  154  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
307 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
295 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
312 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
317 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
271 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
288 aa  149  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
289 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
289 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
289 aa  149  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
273 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  38.85 
 
 
598 aa  149  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 
298 aa  149  7e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.79 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  37.5 
 
 
296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
338 aa  146  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
288 aa  146  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
297 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
327 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
292 aa  145  9e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
319 aa  144  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  39.65 
 
 
305 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
328 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
276 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  32.75 
 
 
309 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
288 aa  143  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
307 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.03 
 
 
307 aa  142  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
318 aa  142  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.456891  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
328 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
328 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  38.19 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
325 aa  141  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.11239  normal  0.239777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>