More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4116 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
276 aa  554  1e-157  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
288 aa  221  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 
279 aa  219  3e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.17 
 
 
272 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  45.82 
 
 
274 aa  191  2e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
278 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
278 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
278 aa  181  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.23 
 
 
273 aa  177  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
274 aa  166  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
284 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
292 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
287 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.99 
 
 
288 aa  149  6e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
281 aa  149  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
281 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
292 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
286 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 
349 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
326 aa  137  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
292 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
285 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
278 aa  136  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.207273  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
300 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
300 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
300 aa  133  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
298 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
300 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  32.53 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290105  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.25 
 
 
288 aa  128  8.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.09 
 
 
273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
312 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
290 aa  125  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 
302 aa  125  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
341 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
313 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 
303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
306 aa  119  6e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
289 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
288 aa  119  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
340 aa  118  7.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
312 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
338 aa  116  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
301 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
280 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
284 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  32.31 
 
 
292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  31.51 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
307 aa  110  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  33.1 
 
 
299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
314 aa  109  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
326 aa  108  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 
304 aa  108  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
306 aa  107  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
318 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
315 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
298 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 
317 aa  106  4e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
320 aa  106  5e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
295 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
304 aa  106  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  32.98 
 
 
306 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 
305 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
301 aa  104  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 
326 aa  103  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  34.98 
 
 
329 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
320 aa  102  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.31 
 
 
328 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
324 aa  102  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  31.45 
 
 
296 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 
325 aa  101  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.11239  normal  0.239777 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
326 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
271 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.31 
 
 
329 aa  99.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
282 aa  99.4  5e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  31.31 
 
 
329 aa  99.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>