More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7223 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
274 aa  564  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  58.24 
 
 
272 aa  287  1e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.29 
 
 
279 aa  247  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  52.48 
 
 
274 aa  238  5.999999999999999e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.75 
 
 
278 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.75 
 
 
278 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
278 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 
273 aa  226  2e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.27 
 
 
278 aa  186  3e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.207273  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
287 aa  186  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
276 aa  181  1e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
288 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.65 
 
 
292 aa  163  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
288 aa  158  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
292 aa  149  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
284 aa  147  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
296 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
288 aa  140  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
292 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  40.55 
 
 
273 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
284 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
281 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.62 
 
 
271 aa  132  9e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
317 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 
340 aa  125  8.000000000000001e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
349 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  33.1 
 
 
284 aa  124  1e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 
300 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
280 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 
269 aa  119  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290105  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
303 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
298 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  38.35 
 
 
304 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  35.69 
 
 
316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.33 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
290 aa  112  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
304 aa  112  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_30578  predicted protein  33.11 
 
 
352 aa  110  2.0000000000000002e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
303 aa  110  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
312 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.38 
 
 
328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  42.71 
 
 
306 aa  108  6e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
291 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  40.31 
 
 
306 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
306 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
306 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
315 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
312 aa  107  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  40.59 
 
 
303 aa  106  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
298 aa  106  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  39.58 
 
 
333 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.58 
 
 
329 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  39.58 
 
 
329 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 
307 aa  105  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
281 aa  105  6e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
309 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
308 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
297 aa  104  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
289 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
271 aa  103  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
316 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
301 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.894762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3427  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
301 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.779859  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
301 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.981527  normal  0.0865499 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
301 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  unclonable  0.0000194239 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
312 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 
282 aa  102  6e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
319 aa  102  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  34.02 
 
 
305 aa  102  7e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 
304 aa  102  9e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_5484  predicted protein  37.25 
 
 
206 aa  102  9e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0315179  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
307 aa  102  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
326 aa  102  9e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
295 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  34.52 
 
 
301 aa  101  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
324 aa  101  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
288 aa  101  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.64 
 
 
267 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0478741  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  28.22 
 
 
318 aa  101  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
312 aa  100  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
320 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  36.5 
 
 
302 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>