More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2977 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
316 aa  660    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  59.62 
 
 
318 aa  389  1e-107  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
312 aa  209  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02653  probable oxidoreductase yajO1  70.59 
 
 
141 aa  208  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  39.48 
 
 
303 aa  195  9e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  37.91 
 
 
300 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
320 aa  186  4e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  36.51 
 
 
306 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
300 aa  185  7e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  35.39 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  36.04 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  35.39 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
312 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
324 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  36.89 
 
 
304 aa  182  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  35.1 
 
 
311 aa  181  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
312 aa  179  8e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  36.01 
 
 
317 aa  177  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
302 aa  176  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
309 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
326 aa  176  7e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
317 aa  175  8e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.29 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.0957503 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.54 
 
 
298 aa  172  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
298 aa  172  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
298 aa  172  5.999999999999999e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
298 aa  171  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  37.13 
 
 
299 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3626  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
306 aa  171  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.474498  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
298 aa  171  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.468031  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 
306 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
307 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
314 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 
312 aa  163  3e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
307 aa  162  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
304 aa  162  8.000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  34.88 
 
 
301 aa  161  1e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
319 aa  161  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 
305 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
297 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
306 aa  159  6e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.55 
 
 
315 aa  159  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.48 
 
 
328 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
289 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
289 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
289 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 
305 aa  155  8e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  hitchhiker  0.00451656 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.72 
 
 
329 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  33.99 
 
 
300 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  31.72 
 
 
333 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  31.72 
 
 
329 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  31.35 
 
 
312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
314 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  33.77 
 
 
305 aa  152  8e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  31.79 
 
 
308 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.23 
 
 
309 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
288 aa  149  8e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
301 aa  146  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.894762 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  33.89 
 
 
311 aa  145  8.000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1061  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
320 aa  145  9e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
290 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.74 
 
 
288 aa  145  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  33.66 
 
 
301 aa  144  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
303 aa  143  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 
303 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  39.15 
 
 
284 aa  141  1.9999999999999998e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.271715  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
301 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  33 
 
 
302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
303 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  32.48 
 
 
318 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  33.01 
 
 
309 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0593  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.21858  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_30578  predicted protein  30.82 
 
 
352 aa  135  6.0000000000000005e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
310 aa  135  8e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  32.88 
 
 
308 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
320 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4041  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
313 aa  133  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.138801  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.44 
 
 
328 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.72 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66520  putative short chain dehydrogenase  33.77 
 
 
309 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.973643  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0618  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
328 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.77353  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.010862 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  32.19 
 
 
300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>