More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0015 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
288 aa  593  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.11 
 
 
287 aa  256  3e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
286 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.96 
 
 
292 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
281 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
281 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
292 aa  227  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.54 
 
 
326 aa  226  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
285 aa  222  6e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.38 
 
 
289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
284 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.33 
 
 
349 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.48 
 
 
297 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
291 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
290 aa  187  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
316 aa  180  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
281 aa  180  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
306 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
306 aa  176  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
279 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
282 aa  172  5e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  41.32 
 
 
306 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
301 aa  171  1e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
292 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
324 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
312 aa  162  6e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
307 aa  162  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
298 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  36.24 
 
 
598 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  35.76 
 
 
317 aa  160  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 
290 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.38 
 
 
273 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 
300 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 
300 aa  158  9e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 
300 aa  158  9e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
317 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  38.7 
 
 
305 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
273 aa  155  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
284 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
298 aa  153  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  38.97 
 
 
302 aa  154  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.18 
 
 
297 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
305 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  35.35 
 
 
301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 
312 aa  153  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
300 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.41 
 
 
272 aa  152  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 
315 aa  152  8.999999999999999e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  37.54 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.76 
 
 
328 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  38.06 
 
 
306 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
311 aa  149  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
307 aa  148  8e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.23 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  36.56 
 
 
296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  37.15 
 
 
333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
329 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  37.15 
 
 
329 aa  145  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
274 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  37.67 
 
 
303 aa  144  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
298 aa  144  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
306 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  37.59 
 
 
304 aa  143  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
313 aa  143  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 
312 aa  142  6e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  33.56 
 
 
308 aa  142  6e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  36.12 
 
 
292 aa  142  9e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  36.75 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  37.29 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  32.31 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  35.55 
 
 
308 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 
305 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  hitchhiker  0.00451656 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  31.99 
 
 
309 aa  139  7.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
278 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
304 aa  138  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
278 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
269 aa  138  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  32.87 
 
 
300 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
278 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
314 aa  135  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  32.99 
 
 
311 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
307 aa  134  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  38.54 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
288 aa  133  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  31.06 
 
 
309 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  30.3 
 
 
309 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>