More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1955 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  100 
 
 
598 aa  1190    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
349 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
281 aa  171  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
288 aa  169  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
281 aa  167  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
286 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
285 aa  158  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
290 aa  157  6e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
287 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 
282 aa  153  7e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.14 
 
 
292 aa  153  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
289 aa  150  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
292 aa  144  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
326 aa  143  9e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
284 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.54 
 
 
297 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
292 aa  138  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.71 
 
 
309 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  34.29 
 
 
296 aa  131  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
300 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
300 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
300 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.13 
 
 
291 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
312 aa  127  8.000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
279 aa  125  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
340 aa  123  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
298 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
312 aa  122  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
317 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
311 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  31.89 
 
 
316 aa  120  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
326 aa  120  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
271 aa  120  7e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.79 
 
 
298 aa  120  9e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 
300 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.84 
 
 
320 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  32.67 
 
 
292 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
271 aa  118  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
292 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
304 aa  117  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
296 aa  115  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 
303 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
288 aa  114  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 
273 aa  114  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
313 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
290 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
306 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
306 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  34.12 
 
 
306 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
304 aa  112  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 
281 aa  112  3e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 
303 aa  111  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
301 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  30.74 
 
 
305 aa  111  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
338 aa  110  9.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
316 aa  108  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.2 
 
 
328 aa  107  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
312 aa  107  8e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.97 
 
 
274 aa  106  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
324 aa  106  1e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
277 aa  106  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
302 aa  106  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  29.63 
 
 
333 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  29.63 
 
 
329 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 
307 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
295 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.63 
 
 
329 aa  105  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
327 aa  104  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
308 aa  104  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
304 aa  103  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
305 aa  103  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
292 aa  103  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
297 aa  103  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7668  putative short chain dehydrogenase  34.97 
 
 
318 aa  103  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.685626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  26.97 
 
 
308 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  31.64 
 
 
272 aa  102  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
269 aa  102  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  31.31 
 
 
321 aa  102  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  36.28 
 
 
299 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
278 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
278 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
284 aa  101  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
278 aa  101  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
305 aa  99  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
288 aa  99  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  26.14 
 
 
300 aa  97.4  7e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  35.47 
 
 
306 aa  96.7  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
305 aa  96.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  28.85 
 
 
309 aa  96.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
280 aa  95.5  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 
315 aa  95.5  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
327 aa  95.1  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
309 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  31.48 
 
 
317 aa  94.7  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
312 aa  95.1  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.87 
 
 
305 aa  94.4  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
314 aa  94.4  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
276 aa  94  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
328 aa  94  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
325 aa  92.8  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.167691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>