More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1959 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
276 aa  553  1e-156  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.9 
 
 
286 aa  339  2.9999999999999998e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.26 
 
 
271 aa  209  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.44 
 
 
280 aa  208  9e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.45 
 
 
305 aa  207  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
266 aa  192  7e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
292 aa  156  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
297 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
290 aa  149  5e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
349 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
292 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
326 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
291 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
286 aa  132  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
287 aa  132  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
309 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
287 aa  132  7.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
281 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
289 aa  128  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
281 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
268 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.4 
 
 
328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  27.82 
 
 
271 aa  119  7.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
284 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
270 aa  118  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.22 
 
 
279 aa  115  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
305 aa  115  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.5 
 
 
329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  36.91 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  38.5 
 
 
333 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  38.5 
 
 
329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 
292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
278 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
309 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
278 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  34.15 
 
 
296 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
278 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 
312 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
320 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.1 
 
 
271 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
301 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
312 aa  106  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
284 aa  107  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
340 aa  106  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
312 aa  106  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  30.58 
 
 
365 aa  106  5e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
268 aa  105  6e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
268 aa  105  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 
288 aa  104  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
273 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
300 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.39 
 
 
274 aa  104  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
296 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
300 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
300 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  33.22 
 
 
302 aa  103  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.36 
 
 
314 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
306 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
306 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
303 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.13 
 
 
290 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
326 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
314 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
308 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  31.53 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  35.29 
 
 
283 aa  99.8  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  30.21 
 
 
598 aa  99.8  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
316 aa  99.8  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
303 aa  99.8  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  33 
 
 
308 aa  99.4  5e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
306 aa  99.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  31.12 
 
 
309 aa  99.4  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  33 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
304 aa  99  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
299 aa  99  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.59 
 
 
272 aa  99  8e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
298 aa  98.6  9e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
320 aa  98.6  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
308 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  32.66 
 
 
306 aa  98.2  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 
304 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
328 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  32 
 
 
309 aa  97.1  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.3 
 
 
341 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
328 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
328 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.38 
 
 
326 aa  96.7  4e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>