More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_1903 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
266 aa  518  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
276 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.87 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
271 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.87 
 
 
280 aa  178  8e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.54 
 
 
281 aa  168  8e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
292 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
291 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
349 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 
287 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
286 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.3 
 
 
288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
290 aa  129  6e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
281 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
326 aa  124  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
282 aa  122  6e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
268 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
271 aa  122  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
292 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
270 aa  119  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
268 aa  118  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
269 aa  115  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.55 
 
 
274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
295 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  29.83 
 
 
271 aa  112  7.000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
326 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
292 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  37.74 
 
 
272 aa  108  6e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.95 
 
 
269 aa  106  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
268 aa  106  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
296 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
284 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  33.22 
 
 
302 aa  103  3e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
279 aa  102  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
292 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
303 aa  101  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
327 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  32.86 
 
 
302 aa  99.8  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 
307 aa  98.6  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
304 aa  98.6  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
312 aa  98.2  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 
300 aa  97.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2677  putative short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  35.64 
 
 
245 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334903  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
277 aa  97.8  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.23 
 
 
343 aa  97.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.550402 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
288 aa  96.7  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.46 
 
 
328 aa  96.7  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
303 aa  95.9  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
312 aa  95.9  7e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
274 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  29.35 
 
 
300 aa  94.7  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  34.18 
 
 
308 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  28.93 
 
 
598 aa  94  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
298 aa  94.4  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 
254 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
233 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
276 aa  93.6  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 
257 aa  93.2  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  36.71 
 
 
257 aa  93.2  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.37 
 
 
340 aa  92.8  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  31.54 
 
 
316 aa  92.4  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
257 aa  92  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0814  putative short-chain dehydrogenase/reductase  33.5 
 
 
257 aa  92  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.968056 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
257 aa  92  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.54 
 
 
329 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  30.31 
 
 
301 aa  91.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
331 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  38.54 
 
 
333 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  38.54 
 
 
329 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 
254 aa  90.5  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  33.17 
 
 
240 aa  90.5  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
320 aa  90.1  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
282 aa  89.7  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
254 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
254 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
338 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.05 
 
 
313 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  37.69 
 
 
256 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
341 aa  89  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  30.98 
 
 
273 aa  89  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 
295 aa  89  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 
308 aa  88.2  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
270 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
314 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
281 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
253 aa  86.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  33.78 
 
 
292 aa  87  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
304 aa  86.3  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>