More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2106 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
269 aa  545  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.21 
 
 
268 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.43 
 
 
270 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.13 
 
 
287 aa  274  1.0000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  45.09 
 
 
271 aa  224  9e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
271 aa  152  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
280 aa  135  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
276 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.18 
 
 
281 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
266 aa  115  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
277 aa  115  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.01 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  31.56 
 
 
283 aa  113  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
349 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
282 aa  107  3e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33 
 
 
274 aa  107  3e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.6 
 
 
272 aa  105  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
292 aa  105  9e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
280 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
292 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  34.81 
 
 
308 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
279 aa  102  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
285 aa  102  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  29.62 
 
 
296 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 
309 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  31.82 
 
 
365 aa  102  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  28.28 
 
 
300 aa  99.8  4e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
287 aa  99.4  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
288 aa  99  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
290 aa  98.6  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  32.81 
 
 
309 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 
309 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  31.77 
 
 
309 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
284 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
304 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
295 aa  92.4  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
305 aa  92  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
276 aa  92  9e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
296 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  30.56 
 
 
311 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 
303 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  29.52 
 
 
300 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  29.52 
 
 
300 aa  90.1  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.85 
 
 
292 aa  90.1  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 
300 aa  90.1  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
303 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 
317 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 
302 aa  89.7  5e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
273 aa  89  7e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  32.02 
 
 
248 aa  89  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  30.1 
 
 
284 aa  88.2  1e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
340 aa  88.2  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  27.67 
 
 
329 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.207273  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
261 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
308 aa  87.8  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
278 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
303 aa  87.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
274 aa  87.8  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
278 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10815  conserved hypothetical protein  30.77 
 
 
323 aa  87  3e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
244 aa  87  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
284 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
278 aa  87  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
280 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000482285  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
284 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  28.78 
 
 
300 aa  87  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 
252 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
271 aa  86.7  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.19 
 
 
324 aa  86.7  4e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  31.31 
 
 
304 aa  86.3  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  30.26 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
284 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
310 aa  85.5  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.19 
 
 
327 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
309 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_30578  predicted protein  31.71 
 
 
352 aa  85.5  8e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
254 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
245 aa  85.5  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  29.44 
 
 
311 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
284 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2697  putative daunorubicin C-13 ketoreductase  30.29 
 
 
257 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114176  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  32.38 
 
 
246 aa  85.1  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  27.4 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
248 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 
252 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
257 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
253 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>