More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0118 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.21 
 
 
269 aa  298  7e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 
270 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.37 
 
 
287 aa  264  8.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  42.49 
 
 
271 aa  202  4e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
280 aa  125  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
305 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
269 aa  112  7.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
292 aa  109  5e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
276 aa  108  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.44 
 
 
266 aa  108  9.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  29.76 
 
 
296 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  32.41 
 
 
365 aa  103  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
304 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
286 aa  102  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38397  predicted protein  29.93 
 
 
324 aa  102  6e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.504345  hitchhiker  0.00204259 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  31.98 
 
 
274 aa  101  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
320 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.89 
 
 
288 aa  100  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  32.42 
 
 
283 aa  100  3e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  31.07 
 
 
329 aa  99  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
278 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
278 aa  95.9  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
278 aa  95.5  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
326 aa  94.7  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.9 
 
 
322 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
292 aa  93.6  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
292 aa  94  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.23 
 
 
325 aa  92.8  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.167691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
268 aa  92.8  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.36 
 
 
326 aa  92.4  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
326 aa  92  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.18 
 
 
284 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.81 
 
 
285 aa  91.3  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 
312 aa  91.7  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.23 
 
 
292 aa  90.9  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
303 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
280 aa  90.5  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.1 
 
 
287 aa  90.9  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  33.16 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
349 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  32.63 
 
 
309 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  27.5 
 
 
300 aa  90.1  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2697  putative daunorubicin C-13 ketoreductase  33.33 
 
 
257 aa  89  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114176  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
282 aa  88.6  9e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  31.58 
 
 
302 aa  88.2  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
278 aa  87.8  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.207273  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
280 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000482285  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  30.93 
 
 
272 aa  87.8  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  31.15 
 
 
309 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  29.6 
 
 
273 aa  87  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38463  predicted protein  29.7 
 
 
342 aa  87  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622688  normal  0.36197 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_35460  predicted protein  33.17 
 
 
301 aa  87  3e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07339  conserved hypothetical protein  29.72 
 
 
359 aa  86.7  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.201379  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
304 aa  86.7  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  28.77 
 
 
308 aa  86.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
340 aa  86.3  5e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  29.84 
 
 
311 aa  86.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
327 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.83 
 
 
281 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.29 
 
 
303 aa  85.5  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  32.83 
 
 
303 aa  85.5  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  32.11 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
257 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.83 
 
 
281 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2241  putative short chain dehydrogenase  28.09 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  31.74 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
274 aa  83.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
317 aa  83.2  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
284 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.51 
 
 
290 aa  82.4  0.000000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  31.09 
 
 
305 aa  82  0.000000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 
331 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2701  oxidoreductase  31.82 
 
 
320 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0359887  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  32.52 
 
 
284 aa  82  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
323 aa  81.6  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10815  conserved hypothetical protein  31.58 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.48 
 
 
286 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 
324 aa  80.9  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120829  normal  0.282186 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
244 aa  80.5  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.893798  normal  0.0397379 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.89 
 
 
289 aa  80.1  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  29.23 
 
 
300 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.760663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.98 
 
 
339 aa  79.3  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
246 aa  79.7  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 
308 aa  79.3  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>