More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0332 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
268 aa  556  1e-157  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.78 
 
 
268 aa  441  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.78 
 
 
269 aa  217  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
281 aa  142  4e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  33.95 
 
 
283 aa  130  3e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.09 
 
 
292 aa  125  7e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
287 aa  117  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  31.32 
 
 
365 aa  118  9.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
277 aa  112  5e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  39.59 
 
 
272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
349 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
270 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
269 aa  108  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
305 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
292 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  28.21 
 
 
271 aa  106  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
271 aa  105  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
266 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
326 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 
319 aa  102  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  35 
 
 
312 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  31.53 
 
 
309 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
324 aa  99.8  4e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
317 aa  99.8  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
327 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.67 
 
 
274 aa  99.4  5e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 
284 aa  99.4  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
287 aa  99  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
288 aa  97.8  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  35.84 
 
 
317 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.85 
 
 
314 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.35 
 
 
276 aa  96.7  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
288 aa  96.7  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
312 aa  95.9  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
278 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
278 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
281 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 
304 aa  95.9  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 
297 aa  95.9  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
273 aa  95.5  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
303 aa  95.5  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
314 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
281 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 
271 aa  94.7  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
278 aa  94  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2020  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 
257 aa  92.8  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
269 aa  92.8  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290105  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
292 aa  92.4  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.69 
 
 
284 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.69 
 
 
286 aa  92  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
316 aa  92  9e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.71 
 
 
273 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
340 aa  92  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
276 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  29.27 
 
 
309 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  29.56 
 
 
309 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
257 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
282 aa  90.1  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
259 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.09 
 
 
291 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
312 aa  90.1  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4041  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
313 aa  89.7  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.138801  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
285 aa  90.1  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  31.98 
 
 
311 aa  89.7  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  28.71 
 
 
309 aa  89.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.19 
 
 
320 aa  89.7  5e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  26.41 
 
 
301 aa  89.4  6e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  31.28 
 
 
598 aa  89  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2577  short chain dehydrogenase  34 
 
 
316 aa  89  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
286 aa  88.6  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
298 aa  88.2  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
274 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  35.12 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  35.12 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  35.12 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
341 aa  87  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.406343  normal  0.0918592 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.07 
 
 
315 aa  87  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  30.23 
 
 
308 aa  86.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
300 aa  86.3  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  29.07 
 
 
300 aa  86.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1061  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 
320 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
298 aa  85.9  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
296 aa  85.5  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0733  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
259 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
304 aa  85.5  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  30.95 
 
 
308 aa  85.5  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  34.12 
 
 
284 aa  84.7  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  33.83 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2241  putative short chain dehydrogenase  30.6 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
331 aa  83.2  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
312 aa  82.8  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
290 aa  82.8  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>