More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1479 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
286 aa  569  1e-161  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.9 
 
 
276 aa  339  2.9999999999999998e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.29 
 
 
271 aa  207  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.1 
 
 
266 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
280 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.69 
 
 
305 aa  186  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
292 aa  143  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
281 aa  135  5e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
349 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
326 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
287 aa  128  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
288 aa  126  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
289 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
287 aa  120  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  35.11 
 
 
274 aa  119  6e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
271 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
309 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  28.68 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
290 aa  115  8.999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
297 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
312 aa  113  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.69 
 
 
340 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 
279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
277 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
282 aa  110  3e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  34.16 
 
 
300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
281 aa  109  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  40 
 
 
272 aa  109  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  34.16 
 
 
308 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
304 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
281 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
292 aa  107  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  33.67 
 
 
309 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
316 aa  106  4e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
327 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 
312 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
273 aa  106  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  32.25 
 
 
365 aa  105  9e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
288 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.56 
 
 
329 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
298 aa  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.99 
 
 
268 aa  104  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  37.56 
 
 
333 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
300 aa  104  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  37.56 
 
 
329 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
314 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
300 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
300 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
308 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.09 
 
 
328 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
296 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 
307 aa  103  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  36.87 
 
 
317 aa  102  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  33.5 
 
 
309 aa  102  7e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  33.67 
 
 
309 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
278 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
278 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
278 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
326 aa  100  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  38 
 
 
300 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
312 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  28.67 
 
 
309 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  32.77 
 
 
292 aa  100  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
268 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
301 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.11 
 
 
303 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  32.99 
 
 
303 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1061  short chain dehydrogenase  33.56 
 
 
320 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
314 aa  99.8  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  30.14 
 
 
305 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
309 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
276 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
328 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  37.05 
 
 
283 aa  97.4  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 
320 aa  97.1  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
305 aa  97.4  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
306 aa  96.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
292 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  37.5 
 
 
311 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
313 aa  96.3  5e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
307 aa  96.3  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  34.23 
 
 
302 aa  95.9  7e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
295 aa  95.5  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  40.54 
 
 
299 aa  95.5  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  29.43 
 
 
598 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
303 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
298 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>