More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1638 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
295 aa  597  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
292 aa  278  8e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
292 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 
288 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
289 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
326 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
281 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
290 aa  133  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
285 aa  132  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
288 aa  132  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
284 aa  132  6e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
349 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
291 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
297 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 
311 aa  123  4e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
305 aa  122  8e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 
300 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
300 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.55 
 
 
273 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  35.63 
 
 
300 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 
290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
309 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
292 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.62 
 
 
312 aa  116  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
305 aa  116  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  hitchhiker  0.00451656 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  33.56 
 
 
305 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
271 aa  112  6e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
286 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
281 aa  109  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
312 aa  109  6e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
284 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.98 
 
 
274 aa  108  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  32.55 
 
 
300 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
307 aa  107  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
305 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  34.41 
 
 
306 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
292 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
282 aa  106  6e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
276 aa  105  6e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
313 aa  105  8e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  34.15 
 
 
598 aa  105  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  33.82 
 
 
303 aa  105  9e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  33.22 
 
 
296 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
281 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
266 aa  104  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 
306 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 
306 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  31.99 
 
 
302 aa  102  7e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 
306 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
312 aa  102  8e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  33.65 
 
 
316 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
303 aa  101  1e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
271 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
301 aa  100  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.71 
 
 
308 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  35.12 
 
 
304 aa  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
304 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
304 aa  99.4  6e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.02 
 
 
328 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7223  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
274 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109906  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  32.06 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
298 aa  96.7  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
320 aa  96.7  4e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  27.18 
 
 
271 aa  96.7  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 
305 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  27.3 
 
 
309 aa  97.1  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
269 aa  95.9  7e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.88 
 
 
329 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  34.88 
 
 
329 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  34.88 
 
 
333 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 
308 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09140  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.06 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.334901 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
286 aa  94.7  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  30.2 
 
 
309 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  30.2 
 
 
365 aa  94.7  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.15 
 
 
340 aa  94  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
298 aa  93.6  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
320 aa  92.8  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.04 
 
 
327 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36252  predicted protein  32.5 
 
 
320 aa  92  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.140786  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
307 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
335 aa  91.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000012318  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
315 aa  92  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
305 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 
278 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.34 
 
 
278 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.362056  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  29.7 
 
 
309 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
269 aa  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290105  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  31.25 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38463  predicted protein  31.94 
 
 
342 aa  90.5  3e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.622688  normal  0.36197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.43 
 
 
268 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15491  short-chain dehydrogenase/reductase  29.5 
 
 
309 aa  90.5  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.821697  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
288 aa  90.5  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  32.06 
 
 
308 aa  90.1  4e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>