More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2983 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
291 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.22 
 
 
309 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.21 
 
 
297 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.88 
 
 
292 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
289 aa  290  2e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.55 
 
 
292 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
292 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
288 aa  202  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
286 aa  202  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.04 
 
 
281 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
287 aa  186  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.48 
 
 
326 aa  185  7e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 
281 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.88 
 
 
285 aa  178  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
349 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
292 aa  172  5.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
316 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
298 aa  170  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  39.37 
 
 
300 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
300 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  39.02 
 
 
300 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
284 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  39.58 
 
 
303 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
271 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  40.71 
 
 
296 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
312 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  37.37 
 
 
300 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
297 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
271 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
326 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
280 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.824425  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  37.46 
 
 
301 aa  146  5e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  36.86 
 
 
292 aa  145  1e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
282 aa  144  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
298 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  33.91 
 
 
305 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
307 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
313 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 
318 aa  142  5e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  38.54 
 
 
302 aa  142  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  35.84 
 
 
303 aa  142  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
311 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.27 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.81 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00430281  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.86 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
280 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1955  putative short-chain dehydrogenase  35.13 
 
 
598 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00955158  hitchhiker  0.00174251 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
305 aa  139  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
307 aa  139  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.77 
 
 
276 aa  139  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
266 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  36.77 
 
 
304 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0363  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.71 
 
 
273 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.177062  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  34.23 
 
 
317 aa  137  2e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.25 
 
 
329 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  35.25 
 
 
333 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  35.25 
 
 
329 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 
312 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.863347  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 
314 aa  134  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  35.76 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  35.76 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
312 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  36.39 
 
 
301 aa  132  6e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  35.42 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 
284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.182055 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
324 aa  130  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  38.11 
 
 
306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
277 aa  129  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
276 aa  126  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
317 aa  125  7e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
306 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
326 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 
312 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
288 aa  123  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.512596 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
292 aa  123  4e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 
308 aa  123  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
288 aa  122  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
304 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  35.32 
 
 
274 aa  122  9e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.56 
 
 
327 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
288 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
271 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.196171  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00939747 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
305 aa  120  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  hitchhiker  0.00451656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>