More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2558 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
312 aa  623  1e-177  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.863347  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.54 
 
 
313 aa  386  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00430281  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 
313 aa  345  6e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2082  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.55 
 
 
318 aa  328  9e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.75 
 
 
326 aa  319  3.9999999999999996e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.81 
 
 
310 aa  288  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0686  oxidoreductase  47.8 
 
 
324 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.65 
 
 
340 aa  247  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.138732  normal  0.0406215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1053  oxidoreductase  48.04 
 
 
319 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.176111  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.31 
 
 
333 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726058  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.09 
 
 
241 aa  235  9e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6184  oxidoreductase  47.3 
 
 
321 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.69376 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
328 aa  230  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165164  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.38 
 
 
332 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
315 aa  229  5e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.839369  normal  0.374763 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7081  oxidoreductase  46.35 
 
 
321 aa  225  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347841  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
324 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
318 aa  222  7e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.456891  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15620  oxidoreductase  46.1 
 
 
320 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000160845  hitchhiker  2.2896399999999997e-20 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.89 
 
 
324 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.44 
 
 
336 aa  217  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.893798  normal  0.0397379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2701  oxidoreductase  44.34 
 
 
320 aa  215  9e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0359887  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1253  oxidoreductase  47.62 
 
 
321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619751  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6579  oxidoreductase  47.62 
 
 
321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.07 
 
 
341 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.406343  normal  0.0918592 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
325 aa  208  8e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.11239  normal  0.239777 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 
343 aa  208  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.550402 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
322 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26328  normal  0.398139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
341 aa  203  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.760663 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.12 
 
 
338 aa  199  7e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200528  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
313 aa  198  7.999999999999999e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.289594 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3640  oxidoreductase  43.55 
 
 
318 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
339 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1138  putative dehydrogenase  40.88 
 
 
329 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.530654  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.13 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
326 aa  187  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
339 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.87 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.29527  normal  0.178629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.35 
 
 
331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.167691 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3314  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.06 
 
 
320 aa  182  6e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.92 
 
 
331 aa  181  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0139677  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.06 
 
 
335 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  40.54 
 
 
316 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
327 aa  175  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.06 
 
 
323 aa  172  5e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
317 aa  172  7.999999999999999e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 
312 aa  168  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
290 aa  165  8e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
298 aa  165  8e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  42.32 
 
 
300 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  42.32 
 
 
300 aa  164  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  41.98 
 
 
300 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
312 aa  162  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2559  Short-chain alcohol dehydrogenase  32.63 
 
 
339 aa  160  3e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
301 aa  158  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 
298 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  38.29 
 
 
317 aa  154  2e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  39.19 
 
 
302 aa  150  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
324 aa  150  3e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  38.85 
 
 
303 aa  150  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.41 
 
 
315 aa  150  3e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
297 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01783  short-chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G00280)  35.83 
 
 
661 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0309502 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.16 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  40.07 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36252  predicted protein  39.37 
 
 
320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.140786  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 
300 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.97 
 
 
309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
281 aa  146  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  39.24 
 
 
301 aa  145  6e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
289 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
281 aa  146  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
289 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
289 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.86 
 
 
307 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  38.83 
 
 
306 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
303 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  40 
 
 
303 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1061  short chain dehydrogenase  41.89 
 
 
320 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.09 
 
 
288 aa  144  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  37.54 
 
 
301 aa  143  5e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  34.56 
 
 
284 aa  142  6e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
304 aa  142  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  40.06 
 
 
306 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  40.06 
 
 
306 aa  142  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
286 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.46 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.46 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  36.18 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>