More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2959 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
305 aa  622  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.57 
 
 
280 aa  508  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
271 aa  214  9.999999999999999e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.173693  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1959  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.63 
 
 
276 aa  210  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.222894 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.51 
 
 
286 aa  191  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
281 aa  189  5e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
266 aa  183  3e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.79 
 
 
292 aa  159  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.251041  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
309 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
287 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.52 
 
 
292 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0772847  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
270 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.02424  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
287 aa  149  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.943731  normal  0.246629 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
297 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.580908  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
349 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.216927  normal  0.0361789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.05 
 
 
326 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
269 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
291 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
269 aa  139  7e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.278197 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10208  probable oxidoreductase  34.43 
 
 
271 aa  139  7.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000468983  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
281 aa  136  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108282  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3483  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.56 
 
 
281 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.92 
 
 
314 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.52 
 
 
289 aa  129  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2577  short chain dehydrogenase  41.92 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
292 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
304 aa  125  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.01 
 
 
284 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0168044 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  38.97 
 
 
317 aa  124  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
326 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05400  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  35.54 
 
 
274 aa  123  4e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.56 
 
 
292 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00870669  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
268 aa  122  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
288 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.383399 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.99 
 
 
282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.178945  normal  0.215411 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
312 aa  119  7e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4041  short chain dehydrogenase  39.55 
 
 
313 aa  119  7.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.138801  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1061  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.97 
 
 
340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00109277  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5377  putative retinol dehydrogenase  32.39 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.637386  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
295 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0729  short-chain dehydrogenase/reductase  37.5 
 
 
308 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.486158  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  33.56 
 
 
311 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
326 aa  112  9e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  37.07 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  36.5 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_5468  predicted protein  31.99 
 
 
292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  35.05 
 
 
308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  33.55 
 
 
304 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
307 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28998  predicted protein  32.38 
 
 
283 aa  110  3e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.275972  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.92 
 
 
292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0384845  normal  0.402092 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.9 
 
 
312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  33.18 
 
 
309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.1 
 
 
271 aa  109  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4187  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
312 aa  109  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
310 aa  109  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
312 aa  108  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.863347  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.9 
 
 
303 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
303 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
277 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0331463  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
313 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  38.86 
 
 
303 aa  107  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
288 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.685413  normal  0.0812429 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
315 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 
298 aa  106  4e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.94 
 
 
308 aa  106  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
314 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.22 
 
 
306 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
315 aa  106  6e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.23 
 
 
331 aa  105  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  36.74 
 
 
305 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
320 aa  104  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.53 
 
 
309 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  32.31 
 
 
301 aa  103  3e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10567  predicted protein  36.11 
 
 
284 aa  103  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2507  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
326 aa  103  5e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.87 
 
 
313 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00430281  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  31.83 
 
 
300 aa  102  7e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  31.83 
 
 
300 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  31.83 
 
 
300 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43764  predicted protein  29.82 
 
 
365 aa  101  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 
309 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17961  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  39.3 
 
 
300 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.140714 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
298 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.99 
 
 
264 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>