More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4187 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4187  short chain dehydrogenase  100 
 
 
312 aa  607  9.999999999999999e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.05 
 
 
314 aa  431  1e-120  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4174  short chain dehydrogenase  72.31 
 
 
312 aa  430  1e-119  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.865375  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.63 
 
 
312 aa  403  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711865  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.38 
 
 
315 aa  391  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4041  short chain dehydrogenase  70.1 
 
 
313 aa  387  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.138801  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2577  short chain dehydrogenase  71.06 
 
 
316 aa  386  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2507  short chain dehydrogenase  66.01 
 
 
326 aa  340  2.9999999999999998e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3572  short chain dehydrogenase  57.64 
 
 
308 aa  322  6e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1061  short chain dehydrogenase  60.26 
 
 
320 aa  315  6e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12290  short chain dehydrogenase  52.08 
 
 
317 aa  289  4e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.521938  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.48 
 
 
303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.72 
 
 
304 aa  216  5e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.177477  normal  0.189843 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.87 
 
 
312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.334573  normal  0.72801 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
324 aa  205  1e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.627737  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.81 
 
 
301 aa  204  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000491998  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0151  short chain dehydrogenase  43.97 
 
 
305 aa  201  9e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0587  short chain dehydrogenase  46.89 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0596  short chain dehydrogenase  46.89 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0609  short chain dehydrogenase  46.89 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10444  short chain dehydrogenase  44.34 
 
 
311 aa  196  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.270892  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0143  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 
303 aa  195  8.000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0753  short chain dehydrogenase  45.57 
 
 
305 aa  195  9e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0596  short chain dehydrogenase  44.01 
 
 
300 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10068  short chain dehydrogenase  45.13 
 
 
303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.362569 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0032  short chain dehydrogenase  45.08 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.249754  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
307 aa  188  8e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0401995  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2783  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
327 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0605  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
300 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140006  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0618  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 
300 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
297 aa  186  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0762  short chain dehydrogenase  44.26 
 
 
302 aa  185  8e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812053  normal  0.782214 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
326 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.81 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.981527  normal  0.0865499 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3427  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.81 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.779859  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.81 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.89804  unclonable  0.0000194239 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.118358 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0763  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.920637  normal  0.460734 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.18 
 
 
298 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.928112  hitchhiker  0.00000218148 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37207  hitchhiker  0.00818757 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.756699  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2789  short chain dehydrogenase  45.25 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625532  normal  0.190884 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.21 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0407655  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2134  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.12 
 
 
329 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
304 aa  179  7e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0651953  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
317 aa  179  8e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
298 aa  178  1e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0856  dehydrogenase  41.12 
 
 
333 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.944789  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0766  dehydrogenase  41.12 
 
 
329 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.31 
 
 
320 aa  176  3e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.435553 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1842  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.12 
 
 
328 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.12 
 
 
305 aa  176  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0325177 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.392114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.69 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0639963  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 
290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.72 
 
 
298 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.68402  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3626  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.59 
 
 
306 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.474498  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.43 
 
 
306 aa  169  7e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.0957503 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
312 aa  167  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0744  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.51 
 
 
319 aa  166  5e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_003296  RS05496  putative oxidoreductase protein  41.39 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3334  short chain dehydrogenase  43.81 
 
 
299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0811669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.21236 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
311 aa  159  4e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.59 
 
 
306 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.272807  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
307 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0989891  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
303 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.109998 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0665  short chain dehydrogenase  41.61 
 
 
301 aa  157  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000125417  hitchhiker  0.00844242 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
314 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
305 aa  154  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.234131  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14681  dehydrogenase  35.99 
 
 
311 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0164309 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
310 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0206248  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00455  probable oxidoreductase  33.44 
 
 
318 aa  152  5e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
317 aa  153  5e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
314 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.244541  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.3 
 
 
313 aa  149  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
324 aa  149  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.010862 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2564  short-chain dehydrogenase/reductase  38.54 
 
 
302 aa  149  8e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.554832  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2219  short-chain dehydrogenase/reductase  38.16 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.498421  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.46 
 
 
308 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.156536  normal  0.0102569 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.14 
 
 
328 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.14 
 
 
328 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.373197 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
288 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.14 
 
 
328 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
328 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
316 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1459  short-chain dehydrogenase/reductase  31.44 
 
 
309 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.392397  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
305 aa  142  9e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132217  hitchhiker  0.00451656 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15641  short-chain dehydrogenase/reductase  30.79 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15671  short-chain dehydrogenase/reductase  31.89 
 
 
300 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0732777  normal  0.472072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66520  putative short chain dehydrogenase  40.33 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.973643  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15241  short-chain dehydrogenase/reductase  30.77 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.957013  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
288 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.725179 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.79705  normal  0.423189 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1940  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
288 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.944669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>