More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2885 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2885  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 673 aa  1328    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.159782 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5132  TonB-dependent receptor  46.45 
 
 		 682 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1375  TonB-dependent receptor  48.25 
 
 		 681 aa  452  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1662  TonB-dependent receptor  40.82 
 
 		 686 aa  401  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.917445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1273  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 665 aa  269  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.227492  normal  0.0101206 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4255  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 		 720 aa  241  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2433  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 754 aa  217  5e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.747625 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0772  TonB-dependent receptor plug  36.02 
 
 		 800 aa  157  7e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578903 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1412  TonB-dependent receptor  34.76 
 
 		 399 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.158027  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 719 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 742 aa  93.2  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0676  TonB-dependent receptor  21.01 
 
 		 732 aa  88.2  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.218893  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 736 aa  87.4  9e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 737 aa  84  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 742 aa  77.4  0.0000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 		 614 aa  77.4  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 679 aa  77  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 698 aa  75.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 602 aa  75.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  23.8 
 
 		 623 aa  74.3  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 702 aa  74.3  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 613 aa  73.2  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5752  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 746 aa  73.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0523831  hitchhiker  0.0000000000276247 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 762 aa  73.6  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 641 aa  72  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  20.43 
 
 		 656 aa  71.2  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  23.42 
 
 		 686 aa  70.9  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  27.36 
 
 		 778 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  26.58 
 
 		 779 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.51 
 
 		 631 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 635 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.51 
 
 		 631 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  28.31 
 
 		 620 aa  68.6  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.79 
 
 		 634 aa  68.2  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3585  ferrichrome receptor precursor protein  26.67 
 
 		 718 aa  67.4  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.885271  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  28.66 
 
 		 829 aa  67.4  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 653 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0151  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.45 
 
 		 675 aa  66.2  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 772 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 772 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 697 aa  65.1  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.57 
 
 		 718 aa  64.7  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1970  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 976 aa  64.7  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3474  ferrichrome receptor precursor protein  28.02 
 
 		 719 aa  63.9  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.588367  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.85 
 
 		 613 aa  63.2  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3699  TonB-dependent receptor  20 
 
 		 685 aa  63.5  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  21.73 
 
 		 649 aa  63.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  36.36 
 
 		 693 aa  62.8  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.73 
 
 		 647 aa  62.4  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1589  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 		 998 aa  62.4  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.36828  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  33.13 
 
 		 613 aa  62.4  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 621 aa  62  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 643 aa  62.4  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  21.89 
 
 		 593 aa  61.6  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3062  TonB-dependent siderophore receptor  30.39 
 
 		 715 aa  61.2  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173013 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3417  TonB dependent outer membrane ferrichrome-iron receptor  30.39 
 
 		 715 aa  61.6  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  22.2 
 
 		 641 aa  61.6  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 		 891 aa  60.8  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  33.73 
 
 		 731 aa  60.8  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 634 aa  60.8  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3330  hypothetical protein  31.48 
 
 		 714 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.641382  normal  0.572781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 		 707 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  19.67 
 
 		 653 aa  60.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1838  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 796 aa  60.1  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  29.03 
 
 		 615 aa  60.1  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  21.31 
 
 		 694 aa  59.7  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 690 aa  59.7  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  26.46 
 
 		 671 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 627 aa  58.9  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 705 aa  58.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 693 aa  58.9  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 688 aa  58.5  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6077  TonB-dependent receptor plug  23.35 
 
 		 656 aa  58.5  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.762724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 618 aa  58.5  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  24.93 
 
 		 668 aa  58.5  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  24.64 
 
 		 714 aa  58.2  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  21.32 
 
 		 648 aa  58.2  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  31.54 
 
 		 720 aa  58.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 743 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  27.85 
 
 		 611 aa  57.8  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3233  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 738 aa  57.8  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0212526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 626 aa  57.8  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  25.11 
 
 		 747 aa  57.8  0.0000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  28.12 
 
 		 729 aa  57.8  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  26.49 
 
 		 673 aa  57.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  26.11 
 
 		 661 aa  57.8  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4648  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 653 aa  57.4  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 714 aa  57.4  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 624 aa  57.4  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 707 aa  57  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 655 aa  57  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  23.52 
 
 		 640 aa  56.6  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 698 aa  57.4  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 764 aa  56.2  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  27.89 
 
 		 615 aa  56.2  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 766 aa  56.2  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1228  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 623 aa  55.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0002097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>