More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5132 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009507  Swit_5132  TonB-dependent receptor  100 
 
 
682 aa  1367    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1662  TonB-dependent receptor  55.81 
 
 
686 aa  648    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.917445  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2885  TonB-dependent receptor  45.43 
 
 
673 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.159782 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1375  TonB-dependent receptor  43.48 
 
 
681 aa  352  1e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1273  TonB-dependent receptor  32.95 
 
 
665 aa  235  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.227492  normal  0.0101206 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4255  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 
720 aa  194  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2433  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 
754 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.747625 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1412  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 
399 aa  116  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.158027  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0772  TonB-dependent receptor plug  35.98 
 
 
800 aa  101  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.578903 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 
736 aa  98.6  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  28.89 
 
 
719 aa  94.4  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4645  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 
693 aa  85.9  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318415 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  24.17 
 
 
634 aa  84.7  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 
613 aa  84  0.000000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  26.84 
 
 
779 aa  80.9  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3485  hypothetical protein  88.37 
 
 
113 aa  80.9  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.422765 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 
742 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  21.3 
 
 
653 aa  77.4  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.81 
 
 
639 aa  77  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
634 aa  77  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
742 aa  76.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  25.22 
 
 
623 aa  75.5  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
698 aa  74.7  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
698 aa  74.7  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
698 aa  74.7  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 
737 aa  73.9  0.000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 
710 aa  72.4  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  29.14 
 
 
829 aa  72  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  27.59 
 
 
634 aa  71.2  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  25.26 
 
 
656 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  30.58 
 
 
602 aa  70.1  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  22.59 
 
 
697 aa  69.3  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  23.34 
 
 
628 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 
762 aa  68.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
772 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  26.79 
 
 
700 aa  68.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
772 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  24.91 
 
 
718 aa  68.6  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 
638 aa  68.2  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  22.55 
 
 
620 aa  67.8  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  33.17 
 
 
625 aa  67.8  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
764 aa  67  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
694 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  28.57 
 
 
732 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 
657 aa  65.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  26.28 
 
 
653 aa  65.5  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.5 
 
 
695 aa  65.5  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  25.94 
 
 
655 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 
697 aa  65.5  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  27.56 
 
 
739 aa  65.9  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0676  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 
732 aa  64.3  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.218893  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1952  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 
656 aa  64.7  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446334  normal  0.0364758 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.86 
 
 
696 aa  64.3  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
737 aa  64.3  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.86 
 
 
696 aa  64.3  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 
740 aa  63.9  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.72 
 
 
631 aa  64.3  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.5 
 
 
671 aa  63.9  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1099  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 
664 aa  63.2  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  21.33 
 
 
707 aa  63.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  32.23 
 
 
690 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  33.95 
 
 
695 aa  63.9  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.72 
 
 
631 aa  63.5  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 
642 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  30.24 
 
 
673 aa  63.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  24.06 
 
 
665 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  30.48 
 
 
680 aa  62.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  27.05 
 
 
713 aa  62.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  24.06 
 
 
665 aa  62.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  23.23 
 
 
652 aa  63.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  24.06 
 
 
665 aa  62.4  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3500  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 
699 aa  62.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 
705 aa  62.4  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 
702 aa  63.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  25.98 
 
 
778 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
635 aa  62  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  25.84 
 
 
779 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  23.82 
 
 
680 aa  62  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 
642 aa  61.6  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  26.42 
 
 
764 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01120  iron-regulated outer membrane virulence protein  26.07 
 
 
572 aa  61.6  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
698 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  22.63 
 
 
717 aa  61.2  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 
658 aa  61.2  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 
654 aa  60.8  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  22.09 
 
 
651 aa  60.8  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0855  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.23 
 
 
714 aa  60.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.842782 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
621 aa  60.1  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 
641 aa  60.1  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 
618 aa  60.1  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  27.67 
 
 
662 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  25.72 
 
 
764 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
652 aa  59.3  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5752  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 
746 aa  59.3  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0523831  hitchhiker  0.0000000000276247 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3366  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
708 aa  59.3  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 
708 aa  59.3  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  27.66 
 
 
653 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  24.43 
 
 
729 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4673  TonB-dependent siderophore receptor  29.41 
 
 
727 aa  58.9  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  24.34 
 
 
715 aa  58.9  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>