109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2372 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2372  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 553 aa  1082    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.639199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1506  tetratricopeptide TPR_4  22.52 
 
 		 729 aa  89  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.41 
 
 		 786 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  23.08 
 
 		 767 aa  74.3  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  21.51 
 
 		 729 aa  72  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  19.45 
 
 		 557 aa  66.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.53 
 
 		 4079 aa  63.5  0.000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 		 2262 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  26.36 
 
 		 1069 aa  62.8  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1011  TPR repeat-containing protein  23.28 
 
 		 800 aa  62  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1334  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.71 
 
 		 512 aa  60.5  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.278248  normal  0.0416734 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1338  tetratricopeptide TPR_2  25.37 
 
 		 931 aa  58.5  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2252  TPR repeat-containing protein  26.13 
 
 		 954 aa  58.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.1 
 
 		 407 aa  57  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  25 
 
 		 725 aa  54.7  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2807  tetratricopeptide TPR_2  23.72 
 
 		 576 aa  53.9  0.000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  24.21 
 
 		 718 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0164  TPR repeat-containing protein  33.88 
 
 		 963 aa  52.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  20.15 
 
 		 3301 aa  51.6  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0626  tetratricopeptide TPR_2  21.5 
 
 		 2059 aa  52  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00762464 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  20.15 
 
 		 3172 aa  51.6  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2480  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  20.55 
 
 		 882 aa  51.6  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  22.41 
 
 		 1154 aa  51.2  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3321  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 		 453 aa  50.8  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  23.87 
 
 		 475 aa  50.4  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  22.16 
 
 		 562 aa  50.4  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  32.6 
 
 		 520 aa  50.4  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  27.48 
 
 		 515 aa  50.4  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  26.15 
 
 		 927 aa  50.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0788  TPR repeat-containing protein  26.91 
 
 		 866 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.940486  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  31.2 
 
 		 713 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  24.18 
 
 		 1094 aa  50.1  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3465  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.03 
 
 		 451 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0563364  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0995  tetratricopeptide TPR_2  21.1 
 
 		 614 aa  48.9  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129848  normal  0.103443 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  22.58 
 
 		 1297 aa  49.3  0.0002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  22.26 
 
 		 597 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  25.3 
 
 		 265 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3401  Tetratricopeptide TPR_4  29.03 
 
 		 453 aa  49.3  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0349174  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4492  TPR repeat-containing protein  22.11 
 
 		 605 aa  48.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0588  TPR repeat-containing protein  26.9 
 
 		 613 aa  48.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4236  tetratricopeptide TPR_2  25.27 
 
 		 824 aa  48.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3385  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 		 427 aa  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.981404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1812  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.89 
 
 		 406 aa  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.312909  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2065  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.26 
 
 		 465 aa  48.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.145613  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  24.48 
 
 		 1979 aa  47.8  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 3560 aa  47.8  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47622  predicted protein  24.37 
 
 		 765 aa  48.1  0.0005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  23.15 
 
 		 448 aa  47.4  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2847  TPR repeat-containing protein  33.58 
 
 		 178 aa  47  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  24.91 
 
 		 935 aa  46.2  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  23.67 
 
 		 722 aa  46.6  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  22.22 
 
 		 968 aa  47  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  25.9 
 
 		 279 aa  46.2  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 		 732 aa  46.6  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7855  TPR domain-containing protein  25.1 
 
 		 648 aa  47  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.126864 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1767  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  23.67 
 
 		 882 aa  47  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0195  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 		 931 aa  45.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  26.7 
 
 		 574 aa  45.8  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3005  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 1096 aa  45.8  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000321187 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  25.18 
 
 		 1737 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2266  tetratricopeptide TPR_2  20.29 
 
 		 1213 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  23.47 
 
 		 827 aa  45.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  19.19 
 
 		 884 aa  46.2  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2994  hypothetical protein  26.32 
 
 		 417 aa  45.4  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.542641  normal  0.0105744 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  30.22 
 
 		 767 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0604  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.49 
 
 		 878 aa  45.4  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3751  tetratricopeptide TPR_2  31.25 
 
 		 204 aa  45.4  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.87227  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0709  TPR repeat-containing protein  24.77 
 
 		 465 aa  45.4  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0678  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 1073 aa  45.4  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0901  TPR repeat-containing protein  20.51 
 
 		 409 aa  45.1  0.003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1773  TPR repeat-containing protein  32.56 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  23.39 
 
 		 762 aa  45.4  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2393  TPR repeat-containing protein  24.41 
 
 		 944 aa  45.4  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1065  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 740 aa  45.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  26.83 
 
 		 629 aa  45.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  30.11 
 
 		 295 aa  45.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21321  putative photosystem I assembly related protein Ycf37  36.47 
 
 		 185 aa  45.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.285628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 		 2262 aa  45.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  21.47 
 
 		 561 aa  45.1  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3167  hypothetical protein  28.09 
 
 		 296 aa  44.3  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1261  TPR repeat-containing protein  36.47 
 
 		 185 aa  44.3  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  22.34 
 
 		 3035 aa  44.3  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4615  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.42 
 
 		 1402 aa  44.7  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3375  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.05 
 
 		 306 aa  44.7  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.110631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0276  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.71 
 
 		 624 aa  44.3  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.27 
 
 		 2240 aa  44.7  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  19.8 
 
 		 1138 aa  44.3  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2994  TPR repeat-containing protein  21.83 
 
 		 317 aa  44.3  0.006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0755  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 		 662 aa  44.3  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.466717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0523  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.68 
 
 		 582 aa  44.3  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  25.15 
 
 		 351 aa  43.9  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2801  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 291 aa  44.3  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  21.03 
 
 		 448 aa  43.9  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4782  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.15 
 
 		 746 aa  43.9  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.20458 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1078  TPR repeat-containing protein  36.25 
 
 		 423 aa  43.9  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.327406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  21.85 
 
 		 860 aa  43.9  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  28.71 
 
 		 703 aa  44.3  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  21.47 
 
 		 561 aa  44.3  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3201  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 		 955 aa  43.9  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0757905 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  21.43 
 
 		 1252 aa  43.9  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>