More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1338 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1338  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 		 931 aa  1867    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01444  TPR repeat protein  30.56 
 
 		 937 aa  385  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0688079  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2838  tetratricopeptide TPR_2  29.68 
 
 		 940 aa  323  9.000000000000001e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0376  tetratricopeptide TPR_4  25.97 
 
 		 929 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0196  TPR repeat-containing protein  25.17 
 
 		 927 aa  159  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.935444 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0195  TPR repeat-containing protein  22.82 
 
 		 931 aa  146  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  23.31 
 
 		 934 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1943  TPR repeat-containing protein  23.8 
 
 		 952 aa  132  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.102548 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  23.57 
 
 		 935 aa  132  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 		 955 aa  124  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0705  tetratricopeptide TPR_2  23.54 
 
 		 924 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1201  tetratricopeptide TPR_2  24.2 
 
 		 918 aa  95.9  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.173975  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.22 
 
 		 810 aa  91.3  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  23.25 
 
 		 729 aa  87.4  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2393  TPR repeat-containing protein  22.34 
 
 		 944 aa  86.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.96 
 
 		 878 aa  84.3  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0828  TPR repeat-containing protein  23.33 
 
 		 886 aa  81.3  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  24.95 
 
 		 1276 aa  79.7  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0436  tetratricopeptide TPR_2  21.38 
 
 		 1056 aa  79.7  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  23.01 
 
 		 927 aa  79  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  21.7 
 
 		 860 aa  79  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1620  TPR repeat-containing protein  22.32 
 
 		 900 aa  78.6  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0781  TPR domain-containing protein  22.8 
 
 		 924 aa  76.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.55707  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  22.24 
 
 		 4079 aa  76.3  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  28.51 
 
 		 767 aa  75.9  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1506  tetratricopeptide TPR_4  21.49 
 
 		 729 aa  75.5  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0280  TPR domain-containing protein  22.59 
 
 		 1013 aa  72.4  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.416311 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1530  TPR repeat-containing protein  38.38 
 
 		 873 aa  71.6  0.00000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0304158  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  25.38 
 
 		 475 aa  71.2  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  23.71 
 
 		 884 aa  70.9  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1449  tetratricopeptide TPR_2  23.26 
 
 		 1067 aa  68.9  0.0000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  22.74 
 
 		 505 aa  68.6  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1499  TPR repeat-containing protein  23.2 
 
 		 620 aa  67.8  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0511559 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0419  TPR repeat-containing protein  22.78 
 
 		 917 aa  67.4  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.09 
 
 		 786 aa  67  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2439  TPR repeat-containing protein  23.29 
 
 		 923 aa  65.5  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.427579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2478  TPR repeat-containing protein  21.71 
 
 		 884 aa  65.1  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.599046  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  22.64 
 
 		 586 aa  63.9  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  24.15 
 
 		 745 aa  63.9  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  23.81 
 
 		 572 aa  63.9  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3097  hypothetical protein  26.41 
 
 		 933 aa  63.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681672  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  22.14 
 
 		 1694 aa  62.8  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2372  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 		 553 aa  62.8  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.639199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  22.97 
 
 		 2262 aa  61.6  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  22.95 
 
 		 864 aa  61.6  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  24.35 
 
 		 584 aa  61.6  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  24.18 
 
 		 1676 aa  61.6  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  24.1 
 
 		 1297 aa  61.2  0.00000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.35 
 
 		 784 aa  60.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 828 aa  60.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.48 
 
 		 632 aa  60.8  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 828 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0233  TPR repeat-containing protein  23.25 
 
 		 421 aa  59.3  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.683027 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2032  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 		 883 aa  59.3  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.192732  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3469  TPR repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1161 aa  59.3  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1746  TPR repeat-containing protein  30.72 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  28.2 
 
 		 448 aa  58.5  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  20.36 
 
 		 1979 aa  58.2  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4439  Tetratricopeptide TPR_4  29.01 
 
 		 715 aa  57.4  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  32.57 
 
 		 607 aa  57.4  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  22.39 
 
 		 827 aa  57.4  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  27.91 
 
 		 565 aa  57.4  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3073  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 		 886 aa  57  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  22.41 
 
 		 543 aa  56.6  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  25.31 
 
 		 572 aa  57  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  29.8 
 
 		 685 aa  57  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0901  TPR repeat-containing protein  20.47 
 
 		 409 aa  56.2  0.000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  32.33 
 
 		 619 aa  57  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  30.07 
 
 		 621 aa  56.6  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  20.1 
 
 		 1069 aa  56.2  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2941  hypothetical protein  28.57 
 
 		 560 aa  56.2  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000171884  normal  0.0147454 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  21.88 
 
 		 395 aa  55.8  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1609  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 194 aa  55.8  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.994867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0588  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.56 
 
 		 571 aa  55.8  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.795395  normal  0.0835537 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0996  TPR repeat-containing protein  20.42 
 
 		 634 aa  55.8  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.325764  normal  0.0470836 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1683  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 942 aa  55.5  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.354598 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1034  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.17 
 
 		 548 aa  55.8  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  27.13 
 
 		 816 aa  55.8  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  24.1 
 
 		 1737 aa  55.8  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  21.14 
 
 		 750 aa  55.5  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  27.45 
 
 		 909 aa  55.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  32.57 
 
 		 607 aa  55.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  22.37 
 
 		 1138 aa  55.5  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  32.57 
 
 		 607 aa  55.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.65 
 
 		 564 aa  55.5  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  31.39 
 
 		 594 aa  55.5  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  32.57 
 
 		 607 aa  55.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  31.79 
 
 		 323 aa  55.1  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1429  PDZ/DHR/GLGF domain protein  22.38 
 
 		 668 aa  55.1  0.000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000479067  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  23.12 
 
 		 613 aa  55.1  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4159  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 467 aa  54.7  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00004642 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22 
 
 		 689 aa  54.7  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  29.08 
 
 		 621 aa  54.7  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  29.08 
 
 		 621 aa  54.7  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.32 
 
 		 631 aa  54.7  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 607 aa  54.7  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  26.82 
 
 		 620 aa  53.9  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  24.15 
 
 		 875 aa  53.9  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1767  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  31.25 
 
 		 882 aa  54.3  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2480  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  31.25 
 
 		 882 aa  54.3  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>