More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1105 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009802  CCC13826_2186  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.28 
 
 
617 aa  800    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00338141  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1546  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.55 
 
 
617 aa  848    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.413231  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1081  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.51 
 
 
622 aa  807    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1021  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.36 
 
 
625 aa  790    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0715  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.2 
 
 
624 aa  755    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1105  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
623 aa  1259    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.3 
 
 
622 aa  807    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.101684  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0106  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.95 
 
 
614 aa  784    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00530506  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1019  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.51 
 
 
622 aa  807    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0406666  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0521  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.54 
 
 
623 aa  812    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.981819  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.81 
 
 
707 aa  374  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  42.56 
 
 
588 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.17 
 
 
697 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.47 
 
 
590 aa  365  1e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  40.18 
 
 
599 aa  364  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.71 
 
 
808 aa  365  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  41.62 
 
 
589 aa  362  1e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.13 
 
 
781 aa  361  2e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  40.45 
 
 
784 aa  361  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.58 
 
 
650 aa  360  4e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.43 
 
 
855 aa  360  4e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.83 
 
 
590 aa  359  8e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.88 
 
 
635 aa  358  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.91 
 
 
754 aa  358  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.4 
 
 
797 aa  358  1.9999999999999998e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  40.37 
 
 
783 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.4 
 
 
801 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.41 
 
 
754 aa  357  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.78 
 
 
666 aa  357  3.9999999999999996e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  39.93 
 
 
746 aa  357  5e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.65 
 
 
710 aa  356  5.999999999999999e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.2 
 
 
736 aa  356  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.65 
 
 
588 aa  353  5e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.42 
 
 
590 aa  352  1e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.57 
 
 
659 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.95 
 
 
599 aa  350  3e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.87 
 
 
718 aa  350  6e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.87 
 
 
666 aa  349  1e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.75 
 
 
587 aa  348  1e-94  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.53 
 
 
640 aa  348  1e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.98 
 
 
667 aa  348  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.14 
 
 
678 aa  348  2e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.51 
 
 
598 aa  346  7e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  37.68 
 
 
622 aa  345  1e-93  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.86 
 
 
622 aa  345  2e-93  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  37.68 
 
 
616 aa  343  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.79 
 
 
595 aa  344  4e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.11 
 
 
616 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.63 
 
 
618 aa  342  1e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.57 
 
 
623 aa  339  9e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  40.34 
 
 
698 aa  339  9.999999999999999e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.34 
 
 
698 aa  338  9.999999999999999e-92  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.14 
 
 
685 aa  338  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.95 
 
 
602 aa  337  2.9999999999999997e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.19 
 
 
738 aa  336  7e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.41 
 
 
610 aa  335  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  36.49 
 
 
624 aa  335  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  38.46 
 
 
617 aa  333  4e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.59 
 
 
608 aa  333  4e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  38.29 
 
 
612 aa  331  3e-89  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.94 
 
 
577 aa  330  4e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  60.47 
 
 
579 aa  329  7e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.45 
 
 
623 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.55 
 
 
584 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.31 
 
 
623 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  38.19 
 
 
647 aa  327  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  60.55 
 
 
584 aa  327  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  56.45 
 
 
582 aa  325  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.16 
 
 
586 aa  324  3e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0713  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  59 
 
 
417 aa  323  5e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  59.77 
 
 
586 aa  323  6e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  39.35 
 
 
578 aa  322  9.999999999999999e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.14 
 
 
819 aa  322  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.42 
 
 
829 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.54 
 
 
900 aa  320  3.9999999999999996e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.42 
 
 
821 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.29 
 
 
671 aa  320  5e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.89 
 
 
668 aa  320  5e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.42 
 
 
755 aa  320  6e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.29 
 
 
672 aa  320  6e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  60.08 
 
 
805 aa  320  6e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.89 
 
 
684 aa  320  6e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.42 
 
 
657 aa  319  7e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  61.79 
 
 
805 aa  319  7e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.08 
 
 
802 aa  320  7e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.89 
 
 
685 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.69 
 
 
638 aa  319  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.94 
 
 
589 aa  319  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.29 
 
 
672 aa  319  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.89 
 
 
666 aa  318  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.81 
 
 
666 aa  318  2e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  53.33 
 
 
656 aa  318  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.48 
 
 
667 aa  318  2e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.25 
 
 
664 aa  318  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.1 
 
 
717 aa  317  4e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.09 
 
 
669 aa  317  4e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.68 
 
 
683 aa  316  6e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.4 
 
 
805 aa  317  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.1 
 
 
714 aa  317  6e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.1 
 
 
702 aa  317  6e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>