More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCV52592_0106 on replicon NC_009715
Organism: Campylobacter curvus 525.92



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1546  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.84 
 
 		 617 aa  884    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.413231  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1081  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.08 
 
 		 622 aa  933    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0715  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.68 
 
 		 624 aa  872    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.9 
 
 		 622 aa  941    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.101684  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0106  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 614 aa  1222    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00530506  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1105  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.6 
 
 		 623 aa  791    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1021  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.46 
 
 		 625 aa  899    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1019  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.08 
 
 		 622 aa  933    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0406666  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2186  RNA polymerase sigma factor RpoD  92.06 
 
 		 617 aa  1097    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00338141  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0521  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.26 
 
 		 623 aa  971    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.981819  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.01 
 
 		 590 aa  383  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.81 
 
 		 589 aa  381  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  39.07 
 
 		 589 aa  380  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.51 
 
 		 590 aa  382  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.67 
 
 		 707 aa  377  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.85 
 
 		 855 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  41 
 
 		 755 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.9 
 
 		 635 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 800 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  41.32 
 
 		 784 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.4 
 
 		 754 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 736 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 680 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 680 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.03 
 
 		 808 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.11 
 
 		 800 aa  368  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.36 
 
 		 683 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.56 
 
 		 681 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 680 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.56 
 
 		 680 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 736 aa  369  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.99 
 
 		 805 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.51 
 
 		 588 aa  367  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.99 
 
 		 805 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 736 aa  369  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.36 
 
 		 805 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  41 
 
 		 783 aa  365  1e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.18 
 
 		 805 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  41.42 
 
 		 590 aa  365  1e-99  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.33 
 
 		 801 aa  364  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.73 
 
 		 804 aa  365  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.27 
 
 		 697 aa  364  2e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.34 
 
 		 587 aa  364  3e-99  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 		 781 aa  363  3e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.14 
 
 		 797 aa  363  3e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.42 
 
 		 754 aa  362  9e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.11 
 
 		 685 aa  362  1e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  43.44 
 
 		 588 aa  360  3e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.7 
 
 		 669 aa  361  3e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.75 
 
 		 736 aa  361  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.6 
 
 		 808 aa  360  5e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.44 
 
 		 678 aa  360  5e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.63 
 
 		 900 aa  359  7e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.01 
 
 		 666 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  41.62 
 
 		 746 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.75 
 
 		 657 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  39.15 
 
 		 574 aa  357  2.9999999999999997e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  41.04 
 
 		 783 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  40.58 
 
 		 599 aa  355  1e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.07 
 
 		 659 aa  355  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.96 
 
 		 598 aa  353  5e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.91 
 
 		 586 aa  353  7e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.06 
 
 		 672 aa  352  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.93 
 
 		 666 aa  352  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.06 
 
 		 672 aa  352  2e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  39.68 
 
 		 621 aa  351  2e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  40.11 
 
 		 621 aa  351  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.3 
 
 		 602 aa  350  4e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.62 
 
 		 623 aa  345  1e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.78 
 
 		 631 aa  343  4e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.31 
 
 		 612 aa  343  4e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.78 
 
 		 624 aa  343  4e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.88 
 
 		 622 aa  343  5.999999999999999e-93  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.76 
 
 		 599 aa  342  8e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.25 
 
 		 623 aa  342  1e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.36 
 
 		 616 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  37.1 
 
 		 622 aa  342  1e-92  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.27 
 
 		 595 aa  342  1e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  37.98 
 
 		 616 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.48 
 
 		 616 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.79 
 
 		 640 aa  340  4e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  38.87 
 
 		 578 aa  340  5e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.89 
 
 		 698 aa  340  5.9999999999999996e-92  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  36.89 
 
 		 698 aa  340  5.9999999999999996e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  38.64 
 
 		 602 aa  339  7e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.32 
 
 		 667 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  39.89 
 
 		 594 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.57 
 
 		 821 aa  337  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.38 
 
 		 738 aa  336  7.999999999999999e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  37.65 
 
 		 616 aa  335  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.38 
 
 		 610 aa  335  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.72 
 
 		 829 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  39.74 
 
 		 688 aa  333  4e-90  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.81 
 
 		 611 aa  332  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.64 
 
 		 584 aa  332  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  39.01 
 
 		 620 aa  331  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.22 
 
 		 616 aa  332  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  37.06 
 
 		 624 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.55 
 
 		 584 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.49 
 
 		 582 aa  330  6e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>