More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0715 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003912  CJE1081  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.25 
 
 
622 aa  852    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.84 
 
 
622 aa  858    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.101684  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1105  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.2 
 
 
623 aa  758    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1021  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.33 
 
 
625 aa  824    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0715  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
624 aa  1234    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0106  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.68 
 
 
614 aa  869    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00530506  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1019  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.25 
 
 
622 aa  852    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0406666  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1546  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.54 
 
 
617 aa  823    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.413231  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2186  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.24 
 
 
617 aa  879    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00338141  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0521  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.34 
 
 
623 aa  864    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.981819  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.12 
 
 
590 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.86 
 
 
590 aa  374  1e-102  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.22 
 
 
589 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.33 
 
 
669 aa  368  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  38.63 
 
 
589 aa  365  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.24 
 
 
697 aa  364  3e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.76 
 
 
588 aa  364  3e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.44 
 
 
819 aa  363  6e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.15 
 
 
707 aa  362  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  40.99 
 
 
784 aa  355  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.31 
 
 
664 aa  352  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.9 
 
 
587 aa  351  2e-95  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  41.51 
 
 
590 aa  351  2e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  40.42 
 
 
574 aa  351  3e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  37.88 
 
 
621 aa  350  5e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  37.58 
 
 
621 aa  350  5e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.91 
 
 
598 aa  348  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.89 
 
 
640 aa  344  2.9999999999999997e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  38.25 
 
 
616 aa  343  7e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.13 
 
 
616 aa  342  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.19 
 
 
623 aa  339  8e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.15 
 
 
623 aa  339  9e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  39.39 
 
 
698 aa  338  9.999999999999999e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.15 
 
 
622 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.39 
 
 
698 aa  338  1.9999999999999998e-91  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  36.68 
 
 
624 aa  334  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  55.14 
 
 
584 aa  334  4e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.55 
 
 
577 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  60.55 
 
 
579 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  55.14 
 
 
584 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.16 
 
 
586 aa  332  1e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  58.49 
 
 
588 aa  332  1e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.94 
 
 
582 aa  332  1e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.06 
 
 
685 aa  332  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.36 
 
 
664 aa  330  4e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.07 
 
 
808 aa  330  5.0000000000000004e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  59.77 
 
 
586 aa  330  6e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
855 aa  330  7e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
657 aa  329  9e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.53 
 
 
781 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.59 
 
 
900 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  37.44 
 
 
578 aa  329  1.0000000000000001e-88  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
783 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.14 
 
 
801 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.14 
 
 
797 aa  328  3e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.37 
 
 
821 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.07 
 
 
754 aa  327  3e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.37 
 
 
829 aa  328  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.88 
 
 
666 aa  327  4.0000000000000003e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.37 
 
 
755 aa  327  5e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.98 
 
 
667 aa  327  5e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
808 aa  327  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
805 aa  327  5e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
800 aa  327  5e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
736 aa  327  5e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
736 aa  327  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.21 
 
 
685 aa  327  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
805 aa  327  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.98 
 
 
668 aa  326  6e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
800 aa  327  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.98 
 
 
668 aa  326  6e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
805 aa  327  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
736 aa  327  6e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.25 
 
 
649 aa  326  7e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  59.46 
 
 
805 aa  326  7e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
680 aa  326  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
683 aa  326  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
804 aa  326  7e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
680 aa  326  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
680 aa  326  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  58.69 
 
 
746 aa  326  8.000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
680 aa  326  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
681 aa  326  9e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.6 
 
 
664 aa  326  9e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.32 
 
 
683 aa  325  1e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.75 
 
 
685 aa  326  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.91 
 
 
656 aa  325  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.25 
 
 
668 aa  325  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.59 
 
 
717 aa  325  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.59 
 
 
714 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.6 
 
 
668 aa  325  2e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.53 
 
 
754 aa  325  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.98 
 
 
702 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.59 
 
 
711 aa  325  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.98 
 
 
702 aa  325  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  59.53 
 
 
805 aa  324  3e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.59 
 
 
678 aa  324  3e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.37 
 
 
805 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  59.53 
 
 
802 aa  324  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.33 
 
 
684 aa  324  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>