More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_1021 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008787  CJJ81176_1019  RNA polymerase sigma factor RpoD  88.19 
 
 
622 aa  1060    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0406666  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1081  RNA polymerase sigma factor RpoD  88.19 
 
 
622 aa  1060    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.502316  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0715  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.24 
 
 
624 aa  834    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1546  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.21 
 
 
617 aa  882    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.413231  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1105  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.52 
 
 
623 aa  796    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0788  RNA polymerase sigma factor RpoD  87.06 
 
 
622 aa  1064    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.101684  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0106  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.79 
 
 
614 aa  900    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00530506  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1021  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
625 aa  1239    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2186  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.76 
 
 
617 aa  909    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00338141  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0521  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.82 
 
 
623 aa  917    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.981819  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.61 
 
 
590 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.64 
 
 
589 aa  382  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  40.39 
 
 
589 aa  380  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.39 
 
 
590 aa  378  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.57 
 
 
588 aa  370  1e-101  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
736 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.03 
 
 
819 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.76 
 
 
805 aa  368  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
680 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
800 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  40.33 
 
 
783 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
736 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
736 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
680 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.83 
 
 
805 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.12 
 
 
804 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.2 
 
 
805 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
680 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.2 
 
 
683 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.6 
 
 
681 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.19 
 
 
797 aa  365  1e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.6 
 
 
680 aa  365  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.89 
 
 
697 aa  364  2e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.02 
 
 
805 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
800 aa  364  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.63 
 
 
801 aa  364  3e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  37.69 
 
 
805 aa  363  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.69 
 
 
808 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  37.69 
 
 
802 aa  363  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.67 
 
 
650 aa  363  7.0000000000000005e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.66 
 
 
754 aa  362  8e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.59 
 
 
781 aa  362  8e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.32 
 
 
707 aa  362  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.1 
 
 
635 aa  361  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  37.67 
 
 
805 aa  361  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  39.96 
 
 
784 aa  361  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.33 
 
 
808 aa  361  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.42 
 
 
685 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.77 
 
 
664 aa  361  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.78 
 
 
666 aa  360  4e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  39.02 
 
 
746 aa  360  5e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.3 
 
 
754 aa  358  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.91 
 
 
664 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.79 
 
 
666 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.22 
 
 
683 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.63 
 
 
900 aa  357  5e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.42 
 
 
678 aa  356  5.999999999999999e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.22 
 
 
587 aa  356  6.999999999999999e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.89 
 
 
685 aa  355  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  38 
 
 
667 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.9 
 
 
665 aa  353  5e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  40.22 
 
 
621 aa  350  4e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  40.22 
 
 
621 aa  350  5e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.45 
 
 
590 aa  350  5e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.74 
 
 
666 aa  350  6e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  38.92 
 
 
599 aa  349  7e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.48 
 
 
718 aa  349  8e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.48 
 
 
666 aa  349  9e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.7 
 
 
595 aa  349  1e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.02 
 
 
736 aa  348  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.15 
 
 
599 aa  349  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.94 
 
 
624 aa  345  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.94 
 
 
631 aa  345  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.8 
 
 
586 aa  345  2e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.45 
 
 
598 aa  345  2e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.53 
 
 
616 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  38.45 
 
 
616 aa  342  8e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.93 
 
 
698 aa  343  8e-93  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  38.93 
 
 
698 aa  342  8e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.37 
 
 
602 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.1 
 
 
618 aa  340  5e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  36.53 
 
 
624 aa  340  5.9999999999999996e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  39.38 
 
 
620 aa  339  9e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  39.55 
 
 
594 aa  339  9.999999999999999e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.37 
 
 
623 aa  339  9.999999999999999e-92  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  38.53 
 
 
617 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  36.83 
 
 
665 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.34 
 
 
623 aa  337  5e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.94 
 
 
664 aa  337  5e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  39.54 
 
 
688 aa  335  1e-90  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.25 
 
 
614 aa  334  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.55 
 
 
855 aa  332  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  50.27 
 
 
584 aa  330  6e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.31 
 
 
610 aa  330  7e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.36 
 
 
821 aa  329  8e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.36 
 
 
829 aa  329  8e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.55 
 
 
783 aa  329  9e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.36 
 
 
755 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.53 
 
 
577 aa  328  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  36.01 
 
 
647 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>