More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1169 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1169  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 225 aa  443  1e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1039  TetR family transcriptional regulator  86.55 
 
 		 223 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.230072 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8662  transcriptional regulator, TetR family  45.64 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5637  TetR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 220 aa  159  5e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.766944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4341  putative transcriptional regulator, TetR family  40.72 
 
 		 210 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.13823  normal  0.831003 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5760  putative transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 209 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.204819 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2613  transcriptional regulator, TetR family  36.18 
 
 		 212 aa  132  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.443179 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9036  putative transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.505167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3010  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2689  putative transcriptional regulator, TetR family  34.42 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.559134 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2095  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 222 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2774  TetR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.783627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2744  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 214 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46518  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2788  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 214 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0691  TetR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.545949 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3745  hypothetical protein  36.54 
 
 		 240 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.239031  normal  0.0520418 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1997  TetR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 209 aa  85.5  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0474929  normal  0.0514197 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3160  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5762  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.182054  normal  0.0696367 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2572  regulatory protein TetR  29.58 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2595  transcriptional regulator, TetR family  33.82 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000390458  hitchhiker  0.00180541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4551  regulatory protein TetR  33.51 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3693  regulatory protein TetR  32.45 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.000370458  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0296  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5615  transcriptional regulator, TetR family  29.67 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328639  normal  0.169387 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1382  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0100297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6337  TetR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3134  hypothetical protein  29.61 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.744862  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2640  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2610  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.965658  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2654  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.569555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 		 185 aa  57.4  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4094  TetR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0325183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  42.47 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 		 211 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1030  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.642765  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3309  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1237  transcriptional regulator, TetR family  33.63 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.665439 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 200 aa  53.1  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  42.25 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 189 aa  52.4  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0477  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 258 aa  52.4  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4233  transcriptional regulator, TetR family  35.83 
 
 		 200 aa  52.4  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0221768  normal  0.231095 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 222 aa  52.4  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  37.65 
 
 		 239 aa  52  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 207 aa  52  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2095  TetR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  26.37 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 332 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  49.15 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  38.54 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 222 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 213 aa  50.1  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 291 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 209 aa  50.1  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0685  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 424 aa  49.7  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  40 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1638  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2087  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390005  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7226  putative transcriptional regulator, TetR family  46.38 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373834 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1991  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0573  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 232 aa  50.1  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0810713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0773  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 224 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12230  transcriptional regulator  40 
 
 		 199 aa  49.3  0.00004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  44.3 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4896  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 		 222 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0502  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 224 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 203 aa  49.7  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 207 aa  49.3  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1869  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 216 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0320  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 231 aa  48.9  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  28.43 
 
 		 227 aa  48.9  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 211 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1149  transcriptional regulator, TetR family protein  36.21 
 
 		 226 aa  48.9  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1416  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 197 aa  48.5  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.305494  hitchhiker  0.0000141576 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0257  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 201 aa  48.5  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.837987 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 240 aa  48.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0815  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 207 aa  48.1  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 205 aa  48.1  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 206 aa  48.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>