More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1992 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  100 
 
 		 460 aa  937    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  63.25 
 
 		 465 aa  588  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  61.59 
 
 		 462 aa  562  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  62.17 
 
 		 456 aa  558  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  61.25 
 
 		 469 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  58.98 
 
 		 469 aa  546  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  61.42 
 
 		 461 aa  541  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  59.07 
 
 		 475 aa  533  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  61.52 
 
 		 461 aa  528  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  58.09 
 
 		 469 aa  530  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  57.87 
 
 		 469 aa  527  1e-148  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  60.8 
 
 		 461 aa  523  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  59.24 
 
 		 462 aa  524  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  60.36 
 
 		 458 aa  518  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  58.09 
 
 		 459 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  58.89 
 
 		 458 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  58.94 
 
 		 457 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  57.78 
 
 		 462 aa  511  1e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  58.84 
 
 		 458 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  56.05 
 
 		 464 aa  509  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  59.56 
 
 		 459 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  55.85 
 
 		 457 aa  506  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  59.78 
 
 		 459 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  59.42 
 
 		 456 aa  507  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  58.44 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  59.78 
 
 		 459 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  59.11 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  57.92 
 
 		 469 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  57.17 
 
 		 463 aa  494  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  58.92 
 
 		 448 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  56.1 
 
 		 461 aa  490  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  55.9 
 
 		 458 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  53.17 
 
 		 463 aa  479  1e-134  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  54.3 
 
 		 465 aa  473  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  53.86 
 
 		 457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  51.72 
 
 		 473 aa  461  1e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  54.08 
 
 		 459 aa  461  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  57.17 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  50 
 
 		 463 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  51.54 
 
 		 467 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  57.17 
 
 		 458 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  51.21 
 
 		 464 aa  457  1e-127  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  50.55 
 
 		 472 aa  455  1e-127  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  54.48 
 
 		 464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  49.55 
 
 		 462 aa  455  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  51.35 
 
 		 472 aa  449  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  51.14 
 
 		 459 aa  450  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  51.68 
 
 		 464 aa  448  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  52.37 
 
 		 473 aa  443  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  48.86 
 
 		 471 aa  443  1e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  51.7 
 
 		 463 aa  439  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  50.65 
 
 		 472 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  51.78 
 
 		 471 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456115 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11119  fumarate hydratase  51.33 
 
 		 474 aa  437  1e-121  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.954044 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2065  fumarate hydratase  50.22 
 
 		 469 aa  436  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0865781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  51.94 
 
 		 465 aa  436  1e-121  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  50.11 
 
 		 476 aa  434  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  49.45 
 
 		 468 aa  434  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1975  fumarate hydratase  47.71 
 
 		 462 aa  435  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00792207  normal  0.442313 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  51.24 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  52.4 
 
 		 463 aa  432  1e-120  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  50.44 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  50.22 
 
 		 465 aa  433  1e-120  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4353  fumarate hydratase  49.46 
 
 		 473 aa  428  1e-119  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.121763  normal  0.136649 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  51.36 
 
 		 466 aa  431  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4122  fumarate hydratase  49.46 
 
 		 473 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264623  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4197  fumarate hydratase  49.46 
 
 		 473 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.309456  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  48.02 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  46.78 
 
 		 467 aa  427  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  46.92 
 
 		 468 aa  428  1e-118  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0720  fumarate hydratase  51.33 
 
 		 464 aa  427  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  46.05 
 
 		 461 aa  427  1e-118  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1894  fumarate hydratase  46.78 
 
 		 467 aa  428  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0017878  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  46.84 
 
 		 461 aa  425  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3120  fumarate lyase  49.55 
 
 		 472 aa  422  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.000941956  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0637  fumarate hydratase  45.83 
 
 		 461 aa  423  1e-117  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.536555  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0959  fumarate lyase  50.68 
 
 		 473 aa  423  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  hitchhiker  0.000463461 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  46.84 
 
 		 461 aa  425  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  46.05 
 
 		 459 aa  421  1e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  46.8 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  46.8 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  49.44 
 
 		 473 aa  420  1e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3595  fumarate lyase  45.23 
 
 		 480 aa  416  9.999999999999999e-116  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.164786  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  51.05 
 
 		 475 aa  417  9.999999999999999e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  52.04 
 
 		 463 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  45.37 
 
 		 469 aa  418  9.999999999999999e-116  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  46.26 
 
 		 469 aa  416  9.999999999999999e-116  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  45.83 
 
 		 459 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1112  fumarate hydratase  50.86 
 
 		 471 aa  415  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.364748  normal  0.37328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  43.29 
 
 		 472 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  43.29 
 
 		 472 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  49.55 
 
 		 468 aa  413  1e-114  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2655  fumarate hydratase  46.39 
 
 		 463 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0321342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05170  fumarate hydratase  48.23 
 
 		 473 aa  412  1e-114  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0795  fumarate hydratase  46.05 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00749677  normal  0.0712325 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  42.67 
 
 		 465 aa  413  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1491  fumarate hydratase  45.75 
 
 		 461 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535004  normal  0.876261 
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  44.54 
 
 		 464 aa  409  1e-113  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  45.61 
 
 		 467 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  43.36 
 
 		 463 aa  409  1e-113  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>