More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2056 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  100 
 
 		 469 aa  962    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  58.6 
 
 		 465 aa  517  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  59.08 
 
 		 456 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  57.92 
 
 		 460 aa  514  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  59.14 
 
 		 462 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  58.01 
 
 		 459 aa  504  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  55.98 
 
 		 469 aa  498  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  55.98 
 
 		 469 aa  500  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  55.98 
 
 		 469 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  59.14 
 
 		 456 aa  496  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  56.88 
 
 		 462 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  55.83 
 
 		 475 aa  490  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  56.66 
 
 		 461 aa  488  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  56.45 
 
 		 469 aa  485  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  58.24 
 
 		 448 aa  487  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  56.53 
 
 		 457 aa  486  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  55.53 
 
 		 464 aa  482  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  58.72 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  56.91 
 
 		 458 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  58.01 
 
 		 458 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  57.11 
 
 		 459 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  56.68 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  57.11 
 
 		 459 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  55.3 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  57.11 
 
 		 458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  57.56 
 
 		 459 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  54.63 
 
 		 461 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  55.21 
 
 		 463 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  56.88 
 
 		 462 aa  462  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  55.68 
 
 		 457 aa  462  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  54.5 
 
 		 459 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  55.63 
 
 		 458 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  51.12 
 
 		 463 aa  436  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  56.42 
 
 		 458 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  50.67 
 
 		 467 aa  434  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  50.56 
 
 		 458 aa  428  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  51.72 
 
 		 461 aa  423  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  48.78 
 
 		 472 aa  421  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  49.78 
 
 		 471 aa  417  9.999999999999999e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  49.89 
 
 		 464 aa  413  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  48.72 
 
 		 465 aa  413  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  51.14 
 
 		 473 aa  410  1e-113  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  47.32 
 
 		 463 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  49.89 
 
 		 463 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  48.97 
 
 		 457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  47.22 
 
 		 459 aa  406  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  48.97 
 
 		 473 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  50 
 
 		 465 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  49.78 
 
 		 476 aa  402  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  50 
 
 		 472 aa  399  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07330  fumarase  48.53 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.24875 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  45.76 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  50.49 
 
 		 465 aa  397  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  48.63 
 
 		 464 aa  398  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  45.31 
 
 		 464 aa  392  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  46.7 
 
 		 468 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  45.05 
 
 		 465 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  48.34 
 
 		 473 aa  389  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  45.35 
 
 		 459 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  48.55 
 
 		 471 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456115 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  47.77 
 
 		 466 aa  385  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1873  fumarate hydratase  45.56 
 
 		 465 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0104019  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2065  fumarate hydratase  46.27 
 
 		 469 aa  387  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0865781 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  44.52 
 
 		 463 aa  387  1e-106  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2270  fumarate hydratase  45.56 
 
 		 465 aa  385  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  45.12 
 
 		 459 aa  386  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  42.86 
 
 		 472 aa  385  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  45.33 
 
 		 465 aa  382  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05170  fumarate hydratase  48.12 
 
 		 473 aa  383  1e-105  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  42.86 
 
 		 472 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  45.43 
 
 		 461 aa  384  1e-105  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  45.54 
 
 		 469 aa  384  1e-105  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  44.16 
 
 		 471 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01580  fumarate hydratase  44.65 
 
 		 467 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.191338  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2032  fumarate hydratase, class II  44.65 
 
 		 467 aa  378  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000761073  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  46.65 
 
 		 466 aa  382  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1818  fumarate hydratase  44.67 
 
 		 467 aa  379  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0435049  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  45.09 
 
 		 464 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  45.43 
 
 		 464 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01570  hypothetical protein  44.65 
 
 		 467 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.24852  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  45.33 
 
 		 461 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  48.22 
 
 		 466 aa  380  1e-104  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  45.33 
 
 		 461 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  45.54 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  48.78 
 
 		 463 aa  379  1e-104  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1112  fumarate hydratase  47.39 
 
 		 471 aa  380  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.364748  normal  0.37328 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  47.54 
 
 		 468 aa  380  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  44.42 
 
 		 468 aa  379  1e-104  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  49.09 
 
 		 472 aa  379  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0959  fumarate lyase  48.44 
 
 		 473 aa  381  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  hitchhiker  0.000463461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1589  fumarate hydratase  44.65 
 
 		 467 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.194502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  46.81 
 
 		 475 aa  378  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  43.68 
 
 		 465 aa  376  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  43.9 
 
 		 465 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0637  fumarate hydratase  44.2 
 
 		 461 aa  376  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.536555  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  43.08 
 
 		 469 aa  376  1e-103  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74587  Fumarase converts fumaric acid to L-malic acid in the TCA cycle  44.77 
 
 		 492 aa  375  1e-103  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.595402 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  44.65 
 
 		 467 aa  378  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1796  fumarate hydratase  44.65 
 
 		 467 aa  377  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.114122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1491  fumarate hydratase  44.42 
 
 		 461 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535004  normal  0.876261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>