More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0944 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  95.42 
 
 		 459 aa  859    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  100 
 
 		 459 aa  924    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  83.19 
 
 		 458 aa  758    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  79.04 
 
 		 458 aa  705    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  82.14 
 
 		 448 aa  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  98.91 
 
 		 459 aa  916    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  93.01 
 
 		 458 aa  838    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  79.26 
 
 		 458 aa  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  78.38 
 
 		 458 aa  709    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  68.57 
 
 		 457 aa  634  1e-180  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  73.46 
 
 		 458 aa  622  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  68.91 
 
 		 463 aa  623  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  71.71 
 
 		 458 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  66.23 
 
 		 469 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  66.88 
 
 		 461 aa  600  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  68.06 
 
 		 462 aa  595  1e-169  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  66.45 
 
 		 461 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  64.41 
 
 		 462 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  65.8 
 
 		 461 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  64.63 
 
 		 459 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  64.98 
 
 		 465 aa  574  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  64.24 
 
 		 457 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  64.19 
 
 		 456 aa  570  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  63.86 
 
 		 459 aa  556  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  63 
 
 		 475 aa  548  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  63.3 
 
 		 456 aa  540  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  61.1 
 
 		 469 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  59.03 
 
 		 469 aa  520  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  59.56 
 
 		 460 aa  520  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  56.77 
 
 		 464 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  58.89 
 
 		 469 aa  515  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  56.99 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  60.26 
 
 		 462 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  55.73 
 
 		 463 aa  475  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  55.85 
 
 		 461 aa  475  1e-133  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  57.11 
 
 		 469 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  52.67 
 
 		 463 aa  456  1e-127  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  54.42 
 
 		 473 aa  450  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  52.32 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  53.23 
 
 		 465 aa  442  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  51.43 
 
 		 464 aa  443  1e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  51.73 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  54.24 
 
 		 465 aa  440  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  49.89 
 
 		 468 aa  436  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  50.11 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  51.3 
 
 		 463 aa  435  1e-121  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  50.33 
 
 		 467 aa  432  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  50.22 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  47.92 
 
 		 459 aa  423  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  50.99 
 
 		 473 aa  424  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  50.77 
 
 		 472 aa  420  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  47.7 
 
 		 459 aa  419  1e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  48.58 
 
 		 471 aa  420  1e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  51.78 
 
 		 472 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  51.53 
 
 		 465 aa  417  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  47.83 
 
 		 469 aa  414  1e-114  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  51.1 
 
 		 466 aa  410  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  51.88 
 
 		 476 aa  411  1e-113  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  50.22 
 
 		 463 aa  410  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  46.29 
 
 		 462 aa  409  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  52.43 
 
 		 464 aa  411  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  48.44 
 
 		 459 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  51.1 
 
 		 466 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  46.62 
 
 		 472 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  46.09 
 
 		 468 aa  406  1.0000000000000001e-112  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  46.74 
 
 		 631 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  46.62 
 
 		 472 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0695  fumarate hydratase, class II  48.25 
 
 		 469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  46.34 
 
 		 469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1636  fumarate hydratase  45.63 
 
 		 462 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0545327  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  51.54 
 
 		 466 aa  408  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  46.83 
 
 		 475 aa  406  1.0000000000000001e-112  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 464 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0720  fumarate hydratase  53.22 
 
 		 464 aa  404  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 464 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 464 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 464 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 464 aa  405  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05170  fumarate hydratase  50.22 
 
 		 473 aa  404  1e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 464 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  50 
 
 		 468 aa  403  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  50.67 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0633  fumarate lyase  48.03 
 
 		 469 aa  402  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.644026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4521  fumarate hydratase, class II  46.29 
 
 		 469 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1841  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.194885  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1617  fumarate hydratase  45.2 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  44.98 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  51.4 
 
 		 475 aa  399  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  46.09 
 
 		 464 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2137  fumarate hydratase  45.97 
 
 		 465 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  45.73 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  46.09 
 
 		 464 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  46.15 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  44.57 
 
 		 471 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  45.87 
 
 		 464 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2786  fumarate hydratase, class II  46.84 
 
 		 472 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.347801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  45.75 
 
 		 465 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1895  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0261938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>