More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0229 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  100 
 
 		 457 aa  938    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  55.85 
 
 		 461 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  54.73 
 
 		 461 aa  475  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  55.19 
 
 		 456 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  54.63 
 
 		 461 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  53.86 
 
 		 460 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  55.09 
 
 		 457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  52.1 
 
 		 469 aa  465  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  53.66 
 
 		 465 aa  467  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  52.32 
 
 		 469 aa  466  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  53.16 
 
 		 463 aa  458  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  53.49 
 
 		 462 aa  455  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  53.64 
 
 		 458 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  52.55 
 
 		 462 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  53.2 
 
 		 458 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  51.88 
 
 		 475 aa  446  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  51.21 
 
 		 469 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  50.98 
 
 		 457 aa  445  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  50.67 
 
 		 464 aa  443  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  51.87 
 
 		 458 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  52.98 
 
 		 459 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  52.32 
 
 		 459 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  52.76 
 
 		 459 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  52.09 
 
 		 456 aa  435  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  49.23 
 
 		 458 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  50.88 
 
 		 461 aa  433  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  52.95 
 
 		 448 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  52.22 
 
 		 458 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  50.33 
 
 		 459 aa  430  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  52.1 
 
 		 458 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  48.81 
 
 		 463 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  49.89 
 
 		 469 aa  420  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  52 
 
 		 458 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  52.65 
 
 		 458 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  50 
 
 		 459 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  47.07 
 
 		 464 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  48.45 
 
 		 462 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  45.2 
 
 		 459 aa  399  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  44.37 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07330  fumarase  47.19 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.24875 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  44.9 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  45.22 
 
 		 473 aa  392  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  48.97 
 
 		 469 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  46.41 
 
 		 473 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  46.61 
 
 		 467 aa  389  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  46.52 
 
 		 472 aa  385  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  44.59 
 
 		 463 aa  387  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  44.22 
 
 		 471 aa  382  1e-105  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  47.02 
 
 		 465 aa  383  1e-105  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  48.64 
 
 		 464 aa  379  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1975  fumarate hydratase  44.32 
 
 		 462 aa  378  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00792207  normal  0.442313 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  45.25 
 
 		 463 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  45.85 
 
 		 465 aa  375  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  45.1 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  45.25 
 
 		 464 aa  374  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  46.26 
 
 		 472 aa  373  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  44.78 
 
 		 465 aa  371  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2151  fumarate hydratase, class II  44.06 
 
 		 467 aa  371  1e-101  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0733926 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  43.23 
 
 		 467 aa  369  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  44.47 
 
 		 468 aa  371  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  43.48 
 
 		 464 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  43.48 
 
 		 464 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  45.47 
 
 		 473 aa  371  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  42.07 
 
 		 475 aa  365  1e-100  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  45.53 
 
 		 471 aa  365  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456115 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  43.64 
 
 		 459 aa  367  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1112  fumarate hydratase  43.04 
 
 		 471 aa  365  1e-100  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.364748  normal  0.37328 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  45.32 
 
 		 463 aa  367  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0720  fumarate hydratase  45.3 
 
 		 464 aa  366  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1894  fumarate hydratase  43.01 
 
 		 467 aa  365  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0017878  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  44.54 
 
 		 469 aa  364  2e-99  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1071  fumarate hydratase  43.1 
 
 		 465 aa  363  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  43.42 
 
 		 459 aa  363  3e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  42.48 
 
 		 462 aa  363  4e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  44.64 
 
 		 466 aa  362  8e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  44.42 
 
 		 468 aa  361  1e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  42.11 
 
 		 469 aa  362  1e-98  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1120  fumarate hydratase  41.43 
 
 		 456 aa  361  2e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  44.13 
 
 		 466 aa  361  2e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  46.96 
 
 		 475 aa  361  2e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  44.23 
 
 		 466 aa  360  3e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2298  fumarate hydratase, class II  43.21 
 
 		 457 aa  360  3e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.25517 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2673  fumarate hydratase, class II  43.21 
 
 		 457 aa  360  3e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  41.27 
 
 		 468 aa  360  4e-98  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1627  fumarate hydratase class II  44.13 
 
 		 463 aa  359  6e-98  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0997  fumarate hydratase  41.58 
 
 		 464 aa  359  6e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0083  fumarate hydratase  42.8 
 
 		 466 aa  359  6e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2065  fumarate hydratase  44.1 
 
 		 469 aa  358  9e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0865781 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  41.56 
 
 		 462 aa  358  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11119  fumarate hydratase  44.66 
 
 		 474 aa  358  9.999999999999999e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.954044 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1637  fumarate hydratase  41.77 
 
 		 462 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.156374  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  41.77 
 
 		 462 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1617  fumarate hydratase  41.56 
 
 		 462 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  41.56 
 
 		 462 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1819  fumarate hydratase  41.56 
 
 		 462 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4353  fumarate hydratase  44.01 
 
 		 473 aa  357  2.9999999999999997e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.121763  normal  0.136649 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2328  fumarate hydratase  44.98 
 
 		 479 aa  357  2.9999999999999997e-97  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  44.88 
 
 		 463 aa  356  5e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4197  fumarate hydratase  44.01 
 
 		 473 aa  356  5e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.309456  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4122  fumarate hydratase  44.01 
 
 		 473 aa  356  5e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>