More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0984 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  100 
 
 		 459 aa  924    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  98.91 
 
 		 459 aa  916    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  82.97 
 
 		 458 aa  756    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  69.01 
 
 		 457 aa  636    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  81.7 
 
 		 448 aa  728    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  92.58 
 
 		 458 aa  835    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  94.99 
 
 		 459 aa  857    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  78.6 
 
 		 458 aa  710    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  79.04 
 
 		 458 aa  711    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  78.82 
 
 		 458 aa  703    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  73.68 
 
 		 458 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  68.48 
 
 		 463 aa  622  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  71.93 
 
 		 458 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  66.45 
 
 		 469 aa  608  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  66.67 
 
 		 461 aa  599  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  68.06 
 
 		 462 aa  595  1e-169  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  66.67 
 
 		 461 aa  591  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  66.01 
 
 		 461 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  64.41 
 
 		 462 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  65.07 
 
 		 459 aa  580  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  64.76 
 
 		 465 aa  574  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  64.24 
 
 		 457 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  64.63 
 
 		 456 aa  573  1.0000000000000001e-162  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  63.86 
 
 		 459 aa  556  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  63.22 
 
 		 475 aa  550  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  63.52 
 
 		 456 aa  540  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  61.32 
 
 		 469 aa  536  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  59.69 
 
 		 469 aa  524  1e-147  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  57.21 
 
 		 464 aa  521  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  59.78 
 
 		 460 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  59.56 
 
 		 469 aa  519  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  56.99 
 
 		 458 aa  498  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  60.48 
 
 		 462 aa  488  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  56.07 
 
 		 461 aa  478  1e-133  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  57.11 
 
 		 469 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  55.73 
 
 		 463 aa  473  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  52.89 
 
 		 463 aa  458  1e-127  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  54.65 
 
 		 473 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  52.76 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  53.45 
 
 		 465 aa  444  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  51.73 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  51.65 
 
 		 464 aa  444  1e-123  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  54.46 
 
 		 465 aa  442  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  50.11 
 
 		 468 aa  438  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  50.33 
 
 		 462 aa  440  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  51.08 
 
 		 463 aa  434  1e-120  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  50.33 
 
 		 467 aa  432  1e-120  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  48.14 
 
 		 459 aa  425  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  51.21 
 
 		 473 aa  426  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  50.44 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  50.99 
 
 		 472 aa  422  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  48.8 
 
 		 471 aa  422  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  47.92 
 
 		 459 aa  421  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  52 
 
 		 472 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  51.53 
 
 		 465 aa  418  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  47.83 
 
 		 469 aa  413  1e-114  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  52.65 
 
 		 464 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  51.54 
 
 		 466 aa  412  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  50.11 
 
 		 463 aa  412  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  52.1 
 
 		 476 aa  414  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  46.29 
 
 		 462 aa  408  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  47.26 
 
 		 475 aa  410  1e-113  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  51.54 
 
 		 466 aa  409  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05170  fumarate hydratase  50.65 
 
 		 473 aa  409  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  46.84 
 
 		 472 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  46.84 
 
 		 472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0720  fumarate hydratase  53.66 
 
 		 464 aa  408  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  50.22 
 
 		 468 aa  405  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  48.44 
 
 		 459 aa  408  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  51.32 
 
 		 466 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1636  fumarate hydratase  45.63 
 
 		 462 aa  404  1e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0545327  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0633  fumarate lyase  48.03 
 
 		 469 aa  402  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.644026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  46.3 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  46.52 
 
 		 631 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  46.3 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  46.12 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  46.3 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  46.3 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  50.89 
 
 		 463 aa  404  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  45.73 
 
 		 462 aa  402  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  46.09 
 
 		 468 aa  403  1e-111  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0959  fumarate lyase  51.32 
 
 		 473 aa  403  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  hitchhiker  0.000463461 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  46.3 
 
 		 464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0695  fumarate hydratase, class II  48.03 
 
 		 469 aa  404  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  45.27 
 
 		 464 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1895  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0261938  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  45.27 
 
 		 464 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  51.63 
 
 		 475 aa  401  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1637  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.156374  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1617  fumarate hydratase  45.2 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  45.53 
 
 		 465 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07330  fumarase  49.78 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.24875 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1095  fumarate hydratase, class II  48.25 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  44.98 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  46.3 
 
 		 464 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1819  fumarate hydratase  45.41 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1112  fumarate hydratase  48.91 
 
 		 471 aa  399  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.364748  normal  0.37328 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  49.35 
 
 		 473 aa  400  9.999999999999999e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>