More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0703 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  71.93 
 
 		 459 aa  634    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  87.77 
 
 		 458 aa  771    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  100 
 
 		 458 aa  933    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  71.71 
 
 		 459 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  67.17 
 
 		 463 aa  627  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  71.43 
 
 		 458 aa  630  1e-179  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  70.83 
 
 		 458 aa  625  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  67.26 
 
 		 457 aa  625  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  71.05 
 
 		 458 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  71.05 
 
 		 448 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  70.39 
 
 		 459 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  69.3 
 
 		 458 aa  616  1e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  69.08 
 
 		 458 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  65.05 
 
 		 457 aa  585  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  66.37 
 
 		 456 aa  585  1e-166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  64.47 
 
 		 459 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  64.4 
 
 		 469 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  63.08 
 
 		 462 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  64.62 
 
 		 461 aa  575  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  61.4 
 
 		 465 aa  561  1.0000000000000001e-159  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  63.08 
 
 		 461 aa  561  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  63.48 
 
 		 461 aa  559  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  62.06 
 
 		 462 aa  557  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  62.45 
 
 		 459 aa  544  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  62.08 
 
 		 456 aa  537  1e-151  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  59.91 
 
 		 475 aa  527  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  58.98 
 
 		 469 aa  521  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  57.27 
 
 		 464 aa  520  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  58.76 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  58.46 
 
 		 469 aa  518  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  57.17 
 
 		 460 aa  503  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  56.48 
 
 		 458 aa  502  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  58.02 
 
 		 462 aa  497  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  54.23 
 
 		 461 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  56.42 
 
 		 469 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  52.19 
 
 		 463 aa  454  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  53.42 
 
 		 463 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  52.65 
 
 		 457 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  52.49 
 
 		 464 aa  449  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  49.89 
 
 		 472 aa  434  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  49.78 
 
 		 459 aa  435  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  49.12 
 
 		 462 aa  430  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  51.51 
 
 		 463 aa  426  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  50.22 
 
 		 467 aa  423  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  48.37 
 
 		 468 aa  421  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  49.78 
 
 		 465 aa  420  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  50.22 
 
 		 473 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  49.34 
 
 		 473 aa  417  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  48.25 
 
 		 471 aa  413  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  51.21 
 
 		 466 aa  410  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  50.32 
 
 		 475 aa  411  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  49.89 
 
 		 472 aa  411  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  47.81 
 
 		 469 aa  410  1e-113  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  50 
 
 		 465 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  46.61 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  46.05 
 
 		 468 aa  404  1e-111  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11119  fumarate hydratase  51.88 
 
 		 474 aa  404  1e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.954044 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  51.78 
 
 		 464 aa  403  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05170  fumarate hydratase  49.89 
 
 		 473 aa  403  1e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  51.16 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  49.89 
 
 		 473 aa  404  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  50.44 
 
 		 472 aa  402  1e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  46.49 
 
 		 475 aa  403  1e-111  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  51.66 
 
 		 471 aa  402  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456115 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  45.22 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2065  fumarate hydratase  50.78 
 
 		 469 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0865781 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0633  fumarate lyase  46.83 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.644026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3595  fumarate lyase  44.78 
 
 		 480 aa  401  9.999999999999999e-111  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.164786  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  49.12 
 
 		 464 aa  401  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  50.12 
 
 		 466 aa  396  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1112  fumarate hydratase  48.25 
 
 		 471 aa  395  1e-109  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.364748  normal  0.37328 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0959  fumarate lyase  48.7 
 
 		 473 aa  398  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  hitchhiker  0.000463461 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  47.75 
 
 		 476 aa  396  1e-109  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  46.39 
 
 		 464 aa  394  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  49.34 
 
 		 463 aa  392  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0720  fumarate hydratase  49.34 
 
 		 464 aa  390  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  47.39 
 
 		 466 aa  389  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3120  fumarate lyase  49.67 
 
 		 472 aa  391  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.000941956  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  48.03 
 
 		 465 aa  390  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07330  fumarase  49.22 
 
 		 463 aa  386  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.24875 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  48.9 
 
 		 468 aa  388  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4122  fumarate hydratase  51 
 
 		 473 aa  388  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264623  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4353  fumarate hydratase  51 
 
 		 473 aa  387  1e-106  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.121763  normal  0.136649 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4197  fumarate hydratase  51 
 
 		 473 aa  388  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.309456  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  44.74 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0637  fumarate hydratase  44.52 
 
 		 461 aa  384  1e-105  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.536555  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2047  fumarate hydratase  45.83 
 
 		 474 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57514  normal  0.0269276 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  44.81 
 
 		 464 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  44.81 
 
 		 464 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5854  fumarate lyase  48.28 
 
 		 440 aa  383  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  44.93 
 
 		 472 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1279  fumarate hydratase  44.66 
 
 		 461 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  43.67 
 
 		 462 aa  381  1e-104  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  44.1 
 
 		 462 aa  381  1e-104  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  44.44 
 
 		 463 aa  382  1e-104  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  43.67 
 
 		 462 aa  379  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1819  fumarate hydratase  43.67 
 
 		 462 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  44.74 
 
 		 461 aa  381  1e-104  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  44.66 
 
 		 461 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1491  fumarate hydratase  44.66 
 
 		 461 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535004  normal  0.876261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>