More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01603 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01603  Fumarase  100 
 
 
457 aa  930    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00674477  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3686  fumarate lyase  67.4 
 
 
463 aa  630  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.172215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0944  fumarate hydratase  68.57 
 
 
459 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0984  fumarate hydratase  69.01 
 
 
459 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0951  fumarate hydratase  68.35 
 
 
459 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4271  fumarate hydratase  67.91 
 
 
458 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58030  fumarate hydratase  67.69 
 
 
458 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127723  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4461  fumarate hydratase, class II  67.03 
 
 
458 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5084  fumarate hydratase  67.47 
 
 
458 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27180  fumarate hydratase  68.13 
 
 
458 aa  598  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00136432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0849  fumarate hydratase  66.52 
 
 
448 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4264  fumarate hydratase  66.15 
 
 
458 aa  578  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0703  fumarate hydratase  67.26 
 
 
458 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00794329 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0025  fumarate lyase  61.01 
 
 
465 aa  557  1e-157  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1543  fumarate hydratase  61.81 
 
 
469 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2108  fumarate hydratase  61.32 
 
 
459 aa  548  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.866969  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0822  fumarate hydratase  62.39 
 
 
457 aa  550  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1650  fumarate hydratase  59.43 
 
 
462 aa  542  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1738  fumarate hydratase  61.32 
 
 
456 aa  542  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1359  fumarase  60.18 
 
 
462 aa  540  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1177  fumarate hydratase  59.07 
 
 
461 aa  519  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.661179  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1848  fumarate lyase  59.65 
 
 
456 aa  519  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002204  fumarate hydratase class II  58.68 
 
 
461 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0068  fumarate lyase  56.92 
 
 
459 aa  513  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00163  fumarate hydratase  58.24 
 
 
461 aa  514  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1384  fumarate hydratase  55.97 
 
 
464 aa  507  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2626  fumarate hydratase  57.71 
 
 
475 aa  507  9.999999999999999e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0946785  normal  0.393755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1992  fumarate hydratase  55.85 
 
 
460 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.768231  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01214  fumarate hydratase  57.08 
 
 
469 aa  501  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627754  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3405  fumarate hydratase  55.92 
 
 
458 aa  495  1e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1441  fumarate lyase  57.58 
 
 
461 aa  489  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0893  fumarate hydratase  56.1 
 
 
469 aa  489  1e-137  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0807  fumarate hydratase  55.88 
 
 
469 aa  488  1e-136  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1272  fumarate lyase  58.37 
 
 
462 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2056  fumarate hydratase  56.53 
 
 
469 aa  474  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0229  fumarate lyase  50.98 
 
 
457 aa  445  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  50 
 
 
463 aa  432  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  50.22 
 
 
467 aa  431  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  48.49 
 
 
468 aa  430  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  49.89 
 
 
473 aa  422  1e-117  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  49.02 
 
 
469 aa  424  1e-117  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  50.34 
 
 
459 aa  422  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  50.33 
 
 
463 aa  419  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  49.66 
 
 
463 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  50.34 
 
 
465 aa  416  9.999999999999999e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  49.14 
 
 
464 aa  412  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  51.52 
 
 
465 aa  412  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  47.06 
 
 
462 aa  412  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  47.41 
 
 
472 aa  414  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  47.48 
 
 
461 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  48.96 
 
 
462 aa  410  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  46.94 
 
 
475 aa  409  1e-113  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  45.41 
 
 
459 aa  410  1e-113  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  47.48 
 
 
461 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0742  fumarate lyase  47.63 
 
 
471 aa  406  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.299304  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  45.2 
 
 
459 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  51.28 
 
 
473 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  45.77 
 
 
464 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  45.99 
 
 
464 aa  408  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  46.96 
 
 
465 aa  406  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  49.46 
 
 
465 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  47.51 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  46.09 
 
 
465 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  46.52 
 
 
465 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  47.51 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  47.82 
 
 
469 aa  405  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  46.94 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  47.51 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  47.51 
 
 
631 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  47.51 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  47.51 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  47.51 
 
 
464 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  46.72 
 
 
464 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  45.87 
 
 
465 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1873  fumarate hydratase  46.42 
 
 
465 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0104019  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  45.43 
 
 
464 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  45.63 
 
 
468 aa  398  9.999999999999999e-111  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4203  fumarate hydratase  46.51 
 
 
464 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  47.48 
 
 
464 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3595  fumarate lyase  45.97 
 
 
480 aa  401  9.999999999999999e-111  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.164786  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1049  fumarate hydratase  46.29 
 
 
464 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.994408  normal  0.827821 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0611  fumarate hydratase  46.29 
 
 
464 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1090  fumarate hydratase  46.29 
 
 
464 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.316185  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2270  fumarate hydratase  46.42 
 
 
465 aa  400  9.999999999999999e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2655  fumarate hydratase  46.96 
 
 
463 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0321342  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1637  fumarate hydratase  45.85 
 
 
467 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.799774 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  47.25 
 
 
467 aa  397  1e-109  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1705  fumarate hydratase  45.85 
 
 
467 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0627343  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  48.76 
 
 
468 aa  395  1e-109  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1578  fumarate hydratase  45.85 
 
 
467 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.952 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1894  fumarate hydratase  46.81 
 
 
467 aa  395  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0017878  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1874  fumarate hydratase  45.85 
 
 
467 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300838  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1568  fumarate hydratase  45.85 
 
 
467 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.366448  normal  0.0865298 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  48.3 
 
 
473 aa  396  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  50.11 
 
 
471 aa  396  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.456115 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2032  fumarate hydratase, class II  45.24 
 
 
467 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000761073  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1796  fumarate hydratase  45.24 
 
 
467 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.114122  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2137  fumarate hydratase  46.52 
 
 
465 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  50.82 
 
 
463 aa  394  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1901  fumarate hydratase  46 
 
 
470 aa  394  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.687119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>