More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1955 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1955  sensory box histidine kinase  100 
 
 
849 aa  1731    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.941314  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1680  putative PAS/PAC sensor protein  37.54 
 
 
879 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.85517  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2510  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.85 
 
 
876 aa  562  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.459167  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1768  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
878 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.760455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1812  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
878 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.886471 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.62 
 
 
878 aa  557  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.826107  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1632  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
872 aa  533  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.101573 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
870 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0842783  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2889  sensory box histidine kinase  36.04 
 
 
869 aa  524  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
872 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1565  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 
872 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.973248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2472  putative PAS/PAC sensor protein  34.07 
 
 
866 aa  480  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.451981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2065  putative PAS/PAC sensor protein  34.15 
 
 
872 aa  437  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.768773  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2218  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  33.59 
 
 
879 aa  386  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.116111 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  26.94 
 
 
921 aa  154  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  26.03 
 
 
678 aa  134  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0118  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.29 
 
 
661 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  22.18 
 
 
785 aa  108  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.62 
 
 
785 aa  107  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.73 
 
 
665 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150661  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2678  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.73 
 
 
665 aa  99.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0770699  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2563  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.73 
 
 
665 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00274337  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1781  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  27.73 
 
 
665 aa  98.6  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0252457  hitchhiker  0.0000048768 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01620  Signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
806 aa  97.1  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003904  sensor histidine kinase  30.8 
 
 
806 aa  89.4  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.397449  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3711  LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
637 aa  89.4  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.731459  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.53 
 
 
1355 aa  87.8  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
2077 aa  87  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1424  sensor histidine kinase  27.24 
 
 
736 aa  80.1  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2587  PAS  34.33 
 
 
671 aa  79.3  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.694957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2554  chemotaxis sensory transducer  28.49 
 
 
663 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.486048 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
3706 aa  77.4  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  29.61 
 
 
548 aa  77.4  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.25 
 
 
859 aa  77.4  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
2693 aa  76.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.57 
 
 
1442 aa  76.6  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  23.1 
 
 
770 aa  74.3  0.000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
842 aa  74.3  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
714 aa  73.6  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.523166 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
862 aa  73.9  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.62 
 
 
929 aa  72.8  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.7 
 
 
1015 aa  72.8  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
683 aa  71.6  0.00000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2714  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
1168 aa  71.6  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  20.79 
 
 
1230 aa  71.2  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 
982 aa  69.7  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4823  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 
1004 aa  69.7  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3237  methyl-accepting chemotaxis protein  29.58 
 
 
771 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.56 
 
 
1344 aa  68.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  31.3 
 
 
1135 aa  69.3  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  22.9 
 
 
1741 aa  68.9  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  31.85 
 
 
433 aa  68.9  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
1284 aa  67.8  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0505  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.05 
 
 
952 aa  67  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
986 aa  67  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 
1452 aa  67  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 
1120 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1175  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.34 
 
 
821 aa  66.6  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
919 aa  65.9  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.39 
 
 
881 aa  65.9  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.702942  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.93 
 
 
1004 aa  65.9  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1959 aa  65.5  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1516  signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
1205 aa  65.1  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0460264 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 
1254 aa  64.7  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.83 
 
 
1245 aa  64.7  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0681  sensory box histidine kinase  35.94 
 
 
356 aa  63.9  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393599  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 
1303 aa  63.9  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0974  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
916 aa  63.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.65 
 
 
1047 aa  63.9  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.5 
 
 
1466 aa  63.9  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0919  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
559 aa  63.9  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.4473e-32 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4639  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  27.03 
 
 
1453 aa  63.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432269  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4385  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
498 aa  63.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
1068 aa  62.4  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  31.61 
 
 
424 aa  62  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 
1245 aa  62  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2636  signal transduction histidine kinase  28 
 
 
1051 aa  61.6  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.47 
 
 
777 aa  61.6  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  29.37 
 
 
297 aa  61.2  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  44.44 
 
 
1200 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.32 
 
 
1047 aa  61.2  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.22 
 
 
957 aa  60.8  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3337  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
685 aa  60.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.4 
 
 
305 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.34 
 
 
842 aa  60.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  26.85 
 
 
1561 aa  60.1  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.27 
 
 
1012 aa  59.7  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0920  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.2 
 
 
655 aa  60.1  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.301008  decreased coverage  0.000022653 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2579  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  25 
 
 
678 aa  59.7  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 
1165 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 
638 aa  60.1  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0657  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.87 
 
 
1052 aa  59.7  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.49 
 
 
689 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1528  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
659 aa  59.7  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 
688 aa  60.1  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 
1059 aa  59.3  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0002  putative PAS/PAC sensor protein  27.07 
 
 
690 aa  58.9  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.91 
 
 
599 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.58 
 
 
1665 aa  58.9  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 
893 aa  58.9  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>